В чём отличие VPS (виртуального сервера) от обычного сервера в использовании?

Недостатки зависят от того, на какой платформе реализован VPS и насколько грамотно он сконфигурирован. Грамотные хостинговые компании в состоянии гарантировать виртуальному серверу определенное количество системных ресурсов (процессорного времени, памяти и т. п.). Но далеко не все хостинговые компании -- грамотные. Кроме того, существует потенциальная проблема с безопасностью -- виртуальный сервер теоретически может получить несанкционированный доступ к физической машине-"хозяину", а оттуда -- к другим виртуальным машинам (в Польше есть большой специалист по этому делу -- Иоанна Рутковска; она даже на конференциях демонстрировала такие фокусы).

А достоинства очевидны. С одной стороны, цена. С другой -- простота репликации (виртуальная машина не зависит от оборудования, поэтому если Вам надо, чтобы у Вас одновременно работало, скажем, 500 идентичных серверов, это можно относительно легко организовать, имея на руках образ сервера). Резервирование на случай отказа, опять же...

на виртуалке ты делишь память, доступ к диску и сети с соседями по железу.
Да, гарантируются некоторые минимумы, но такие немаловажные критерии как скорость выделения памяти, скорость ввода-вывода могут проседать неприлично. Особенно, если у тебя образовался простой, а соседи активно работают.

Всё дело в деньгах, как всегда. Виртуалка заметно дешевле

Все зависит от типа виртуализации. Например KVM - это почти сервер, тебе на нем разрешат запускать почти что угодно. При виртуализации OpenVZ скорее всего тебе максимум позволят запускать веб сервисы и все что с ними рядом.

Интересный вопрос. Я когда то давно покупал сервер для своей компании тоже столкнулся с этим вопросом. Так вот если хочешь знать ответ то заходи и читай http://arionvps.com/