А вот с резус-фактором два варианта.
1) Генетика.
Если оба родителя гетерозиготны по резус-фактору крови, то есть у них гены Rh+Rh-, сцепляются два гена Rh-Rh- и получается ребёнок с отрицательным резусом-фактором крови.
Вот таблица наследования резус-фактора крови.

2) Ошибка лаборантов.
Лично я столкнулась с ошибкой лаборантов именно по определению резус-фактора крови, при том условии, что у моих обоих родителей первая положительная группа крови. Мне в детской больнице в 4 годика определили первую отрицательную группу крови и поставили штамп в свидетельство о рождении. Работаю медсестрой и в 20 лет ещё раз переопределила группу крови и резус-фактор, оказалась... первая положительная группа крови. Ещё потом трижды переопределила группу крови и резус-фактор, везде была и есть первая положительная группа крови.
Поэтому мой Вам совет ещё раз пересдать анализ на группу крови и резус-фактор, может быть у ребёнка допустили точно такую же ошибку, как и у меня, по определению резус-фактора крови.