куда можно обжаловать протест зам.прокурора на приказ об увольнении работника? в суд или вышестоящему прокурору?

1.Протест прокурора никуда обжаловать не нужно. Это законом не предусмотрено
2.Протест прокурора можно УДОВЛЕТВОРИТЬ или НЕ УДОВЛЕТВОРИТЬ. Срок рассмотрение протеста прокурора- ДЕСЯТЬ ДНЕЙ
3.В случае отказа должностного лица в удовлетворении протеста прокурора, прокурор вправе обратиться суд

Статья 23. Протест прокурора

1. Прокурор или его заместитель приносит протест на противоречащий закону правовой акт в орган или должностному лицу, которые издали этот акт, либо в вышестоящий орган или вышестоящему должностному лицу, либо обращается в суд в порядке, предусмотренном процессуальным законодательством Российской Федерации.

2. Протест подлежит обязательному рассмотрению не позднее чем в десятидневный срок с момента его поступления, а в случае принесения протеста на решение представительного (законодательного) органа субъекта Российской Федерации или органа местного самоуправления - на ближайшем заседании. При исключительных обстоятельствах, требующих немедленного устранения нарушения закона, прокурор вправе установить сокращенный срок рассмотрения протеста. О результатах рассмотрения протеста незамедлительно сообщается прокурору в письменной форме.

-------------------------
Если увольнение действительно незаконно, протест следует удовлетворить.
Поскольку в случае удовлетворения иска прокурора судом, все судебные издержки лягут на должностное лицо, кроме того это лицо будет привлечено к административной ответственности за нарушение трудового законодательства

Протест вообще нельзя обжаловать. Это мнение прокурора, а не решение по делу.

в суд

Сначала можно попробовать в вышестоящую прокуратуру. А если там не получится, то в суд.