Вопрос по протоколу разногласий и договорам

Полученный от поставщика проект договора покупатель оформил с протоколом разногласий, в котором предусмотрел неустойку и изменил предложенные сроки поставки продукции. Поставщик, получив протокол, промолчал, но продукцию поставил, нарушив указанные сроки поставки. В какой редакции будет действовать договор? Можно ли применить неустойку, указанную в протоколе? Какое значение имеет в данном случае молчание поставщика и выполнение им при этом обязательств по поставке товара? Лично я думаю, что оба накосячили не по закону. По идее покупатель должен был дождаться подписи или отклонения протокола разногласий - по Статье 445. Заключение договора в обязательном порядке. А поставщик промолчал намеренно...