куда подать декларацию? внутри...

Вы имеете право встать на налоговый учет но месту временной регистрации, п. 7.1 ст. 83 НК РФ. Физические лица, место жительства которых для целей налогообложения определяется по месту пребывания физического лица, вправе обратиться в налоговый орган по месту своего пребывания с заявлением о постановке на учет в налоговых органах. Тогда и декларацию сможете подать и прочие действия совершить. Требуйте письменный отказ, который можно обжаловать и в вышестоящую налоговую, и в суд

Статья 80 Налогового кодекса: 3. Налоговая декларация (расчет) представляется в налоговый орган по месту учета налогоплательщика.
Статья 83 Налогового кодекса: 7.1. Физические лица, место жительства которых для целей налогообложения определяется по месту пребывания физического лица, вправе обратиться в налоговый орган по месту своего пребывания с заявлением о постановке на учет в налоговых органах.

Вставайте на налоговый учёт в территориальном органе по месту жительства и сдавайте туда декларацию...

Не совсем понятно. У Вас ведь осталась регистрация по месту жительства, коль налоговая кивает на паспорт? Если так, то подавайте по регистрации по месту жительства. Даже и не задумываясь. Там-то Вы на налоговом учете уж точно стоите. Ибо пока Вы будете вставать на учет по месту пребывания, Вы сроки подачи пропустите.
Заполните декларацию, приложите подтверждающие документы и отправьте в налоговую по месту Вашего учета по месту жительства ценным письмом с описью вложения.
Во всяком случае так Вы исполните свою обязанность по подаче налоговой декларации и придраться к Вам не смогут, что Вы пропустили срок подачи.