Куда можно пожаловаться на действия начальника раионного паспортного стола за необоснованный отказ в прописке?

Подайте жалобу на неправомерные действия должностных лиц паспортного отделения в Управление Федеральной миграционной службы. На основании Закона РФ "Об обжаловании в суд действий и решений, нарушающих права и свободы граждан" просите признать незаконными действия должностных лиц и обязать начальника отделения внести запись.
Копию жалобы можете подать в Уполномоченный по правам человека или по правам ребенка (если отказали регистрировать несовершеннолетнего) . В случае игнорирования требований будете вынуждены обратиться в суд.
За фразы "вымогают взятку" могут и привлечь за "ложный донос".

В соответствии с приказом Федеральной миграционной службы (ФМС России) от 7 декабря 2009 г. N 339 г. Москва "Об утверждении Административного регламента Федеральной миграционной службы по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене и по исполнению государственной функции по учету паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации":
V. Порядок обжалования действий (бездействия) должностных лиц и принятых решений
132. Гражданин вправе обжаловать действия (бездействие) уполномоченных сотрудников в ходе предоставления ими государственной услуги или исполнения государственной функции в досудебном и судебном порядке.
133. При досудебном обжаловании гражданин может обратиться с жалобой лично (устно) или направить письменное предложение, заявление или жалобу
руководителю подразделения - на действия (бездействие) подчиненных ему сотрудников;
руководителю территориального органа - на действия (бездействие) руководителей подразделений;
директору ФМС России и его заместителям по курируемым направлениям деятельности - на действия (бездействие) руководителей территориальных органов.
134. Срок рассмотрения обращений граждан - не более 30 дней. В исключительных случаях, а также в случае направления запросов, срок рассмотрения обращения может быть продлен, но не более чем на 30 дней, уведомив о продлении срока гражданина, направившего обращение.
Обратившийся гражданин предварительно информируется по телефону или по электронной почте (при наличии технической возможности) , и письменно уведомляется о продлении срока рассмотрения либо направлении его обращения на рассмотрение в другой государственный орган или иному должностному лицу в соответствии с их компетенцией.
135. Действия или бездействие сотрудников, ответственных за выдачу (замену) и учет паспортов, могут быть обжалованы гражданами в вышестоящий в порядке подчиненности орган, вышестоящему в порядке подчиненности сотруднику либо непосредственно в суд.
136. Сотрудники ФМС России, ее территориальных органов и их подразделений организуют и проводят личный прием граждан (заявителей) .
Личный прием граждан в ФМС России проводят заместители директора ФМС России (по курируемым направлениям деятельности) , начальники управлений и их заместители (по направлениям деятельности) в соответствии с утверждаемым директором ФМС России графиком.
В территориальных органах личный прием граждан проводят руководители территориальных органов, их заместители (по курируемым направлениям деятельности) , начальники отделов и их заместители (по направлениям деятельности) в соответствии с ежемесячно утверждаемым руководителем территориального органа графиком.
В подразделениях личный прием граждан проводят руководители данных подразделений, их заместители (по направлениям деятельности) в соответствии с ежемесячно утверждаемым руководителем подразделения графиком.

В прокуратуру. Мол, вымогают взятку.