Что делать фирме в этой ситуации?

Согласно ст. 248 ТКРФ
Взыскание с виновного работника суммы причиненного ущерба, не превышающей среднего месячного заработка, производится по распоряжению работодателя. Распоряжение может быть сделано не позднее одного месяца со дня окончательного установления работодателем размера причиненного работником ущерба.
При несоблюдении работодателем установленного порядка взыскания ущерба работник имеет право обжаловать действия работодателя в суд.
Работник, виновный в причинении ущерба работодателю, может добровольно возместить его полностью или частично. По соглашению сторон трудового договора допускается возмещение ущерба с рассрочкой платежа. В этом случае работник представляет работодателю письменное обязательство о возмещении ущерба с указанием конкретных сроков платежей. В случае увольнения работника, который дал письменное обязательство о добровольном возмещении ущерба, но отказался возместить указанный ущерб, непогашенная задолженность взыскивается в судебном порядке.
С согласия работодателя работник может передать ему для возмещения причиненного ущерба равноценное имущество или исправить поврежденное имущество.
Привлечение работника к материальной ответственности за ущерб, причиненный работодателю, не исключает возможности привлечения его к иным видам юридической ответственности - дисциплинарной (со стороны работодателя) , а также административной или уголовной (со стороны государства) .
Так что, все возможно, в том числе и уголовное преследование по ст. 160 УК - это уж как судья квалифицирует.

Наличие дома у кладовщика Вам вряд ли чем поможет. Вам необходимло обратится в ментуру написать заявление о привлечении неустановленнх лиц к отвественности. Возбудят дело (хотя не факт в конце года висяк себе вешать никто не захочет отчетность портится) подозревать конечно будут Вашего колесникова. Найдут его тогда будет видно. Взыскать деньги сейчас. пока кладовщика нет на месте нельзя.

Недостача свыше оклада передается в суд, а он уж примет решение. 20000 это не большие деньги, может человек просто испугался вашей реакции и если поговорить с ним он выплатит и без суда, зачем вам этот головняк.