заверенные надлежащим образом копии документов в суд для физ.лица

В вашем случае судья должна вынести определение (об оставлении заявления без рассмотрения) . Определение вынесено?
Подлинники предоставляются только на самом процессе.
Первый раз слышу, что на этом основании оставляют заявление без рассмотрения.
Требуйте определение, если не дают.
Напишите жалобу на председателя суда.
Заверяют копии в суде, сам судья.

Позиция судьи основана на абзаце 5 части 1 статьи 132 ГПК РФ к исковому заявлению прилагаются документы, подтверждающие обстоятельства, на которых истец основывает свои требования, копии этих документов для ответчиков и третьих лиц, если копии у них отсутствуют.

С другой стороны согласно ч. 1 ст. 57 ГПК РФ представление доказательств является субъективным правом истца. В условиях состязательного процесса непредставление доказательств влечет за собой иные негативные последствия, чем предусмотрены ст. 136 ГПК РФ, и не может служить препятствием для движения заявления.

п. с. если речь идет о предмете доказывания и от ех документах которые у вас в наличии то суд формально прав.

В соотв. со ст. 71 ч. 2 ГПК РФ письменные доказательства предоставляют в подлиннике или в форме надлежащим образом заверенной копии.
В соотв. со ст. 72 ч. 1 ГПК РФ Письменные доказательства, имеющиеся в деле, по просьбе лиц, представивших эти доказательства, возвращаются им после вступления решения суда в законную силу. При этом в деле оставляются засвидетельствованные судьей копии письменных доказательств.
Таким образом, чтобы соблюсти букву закона и требования привередливой судьи. предоставьте ей заранее подлинники, а после окончания процесса истребуйте их обратно со ссылкой на ст. 72ч. 1 ГПК РФ

Протокол не заверен судьей

Может заверить копии документов прикладываемые к исковому заявлению в районный суд физическое лицо? А на судебном заседании предоставить подлинники, заверит судья?