Здравствуйте! Был операция в сентябре 2014.Работаю как ИП, но договор с клиникой оформлен как на физ лицо. Какие сроки?

Не надо в данном случае разграничивать физическое лицо и индивидуального предпринимателя. Это - один человек. Физическое лицо с особым статусом.
Собственно именно человеку - физическому лицу - и можно заявить вычет на лечение. Так что с договором все в порядке.
Но право на вычет дается далеко не каждому, кто оплачивал лечение.
Право на вычет зависит не от того, является ли это лицо ИП, или нет. Главное - является ли человек плательщиком налога на доходы физических лиц (НДФЛ или подоходного), ведь сам вычет связан именно с этим налогом.
Так что если Вы ИП, применяющий общий режим налогообложения, Вы НДФЛ со своих доходов от предпринимательской деятельности уплачиваете. Значит, и вычет на лечение можете применить. Декларацию формы 3-НДФЛ при этом нужно предоставить в тот самый срок - до 30 апреля.
Если же режим налогообложения у Вас не общий (например, УСН или ЕНВД), то подоходный налог со своих доходов Вы не уплачиваете. Следовательно, и вычет применять не к чему и возвращать нечего. В этом случае заявить расходы по лечению на возврат Вы можете только в том случае, если у Вас есть какие-то другие доходы, которые подоходным налогом облагаются. Например, зарплата (если Вы совмещаете ИП и работу по трудовому договору), доходы от продажи недвижимости или сдачи в аренду (если это не является Вашей предпринимательской деятельностью).

Поэтому, чтобы определиться, можете ли Вы претендовать на вычет, определитесь, какую систему налогообложения Вы используете и имеются ли у Вас иные, непредпринимательские, доходы, с которых уплачивается подоходный налог.

если физ. лицо, на которое оформлен договор, уплачивало в 2014 г. НДФЛ, то оно имеет право на социальный налоговый вычет и может подать декларацию. а если НДФЛ не уплачивался, то и вычет применять не к чему, потому как вычет - это возврат уплаченного в календарном ериоде НДФЛ