Тема очень большая. Самые общие соображения.
Снимаю с рук, одной камерой, "на глазок" и по опыту. К сожалению, при таком способе бывает брак. Базис (расстояние между центрами объективов или смещение камеры) - величина переменная. Обычно составляет от 1/50 до 1/30 расстояния до переднего плана. То есть при съёмке "среднестатического" пейзажа это 15-20 см. Но если будет меньше, не страшно. Стереоэффект исчезает очень плавно, малозаметен больше чем на 1/100 и уже почти не различим на расстоянии 1\1000 базиса.
Это расстояние (15-20см) очень легко соблюсти при съёмке одной камерой: достаточно поставить ноги на ширину плеч и перенести вес тела с одной ноги на другую.
При макросъёмке и съёмке крупным планом базис может быть больше 1/30.
Никогда не надо ориентироваться на расстояние между зрачками. Человеческое зрение устроено гораздо сложнее, там действуют совсем другие законы.
Классический способ - когда оптические оси объективов расположены параллельно, но при съёмке близких объектов это условие трудно выполнить. Обычно сюжетно важный объект располагаю на пересечении осей, то есть как бы обхожу по кругу на очень малый сектор.
Существует уникальная бесплатная программа StereoPhoto Maker (обязательно версии 3.03!). Она позволяет за минуту смонтировать стереопару, исправить погрешности и сохранить в любом стереоформате, в том числе, конечно, анаглифе. К сожалению, на английском, без вариантов. По первой ссылке вы её найдёте, там же описаны минимальные настройки и порядок работы.
Лично я предпочитаю "перекрёстные" пары, но в анаглифе тоже есть свои достоинства.
