Чем занято место на диске

Какая у вас файловая система на диске D? NTFS или FAT-32?
Вы можете открыть папку System Volume Information?
Если это NTFS, то думаю нет, так как права доступа этому не позволят. А если нету прав доступа, то и прав на отображение информации о количестве и весе файлов в ней так же не будет. Чтобы получить права доступа, нужно запустить файловый менеджер от имени службы, а не администратора. Но перед тем посмотрите, включено ли восстановление системы на этом диске, и если да, то его нужно выключить. А потом воспользоваться стандартной программой ОС для очистки диска. И если не помогла она, только тогда попытаться сделать это вручную, получив доступ вышеупомянутым способом

программой PerfectDisk посмотри чем еще место забито

Посмотри в свойствах записи квот, возможно на диске данные прошлых пользователей.

Это скрытые папки важные для компа без которых игры не могут запуститься

Если жёсткий форматирован в NTFS, то возможно где то сидит "жирный" поток, который винда тоже никогда в расчёт не берёт. Читал о прогах-шутках, которые копируют кучу информации в потоки, вследствии чего место резко сокращается. Выход-попрробывать поискать эти потоки.
Никита Гололобов-согласен и с ним такое тоже может быть
ЗЫ
если восстановление не стоит (где посмотреть: правой по "моему компьютеру"->"свойства"->вкладка "Восстановление системы"), советую поставить, так на всякие пожарные. Не раз меня эта штука выручала

если восстановление системы отключено, то папки System Volume Information не должно быть. ее можно удалить. действительный размер этой папки винда вам никогда по-честному не покажет.