Чем изменить инсталлер?

Вариант 1:

Если возможно, то просто возьми уже установленную в нужной конфигурации программу и сделай свой инсталлятор. Простая программа для создания своих инсталляторов: www. bytessence. com/bim.html . Также существуют другие программы, предназначенные для этих целей, например NSIS, Inno Setup и другие, они обладают большим функционалом, но сложнее в освоении.

Вариант 2:

> MDQSUPER MDQSUPER
> Напиши батник который сам галки будет ставить
Ну не батник, а скрипт, используя инструмент специально заточенный для таких задач:

AutoIt — свободно распространяемый язык для автоматизации выполнения задач в Microsoft Windows.

В ранних версиях программа преимущественно использовалась для создания скриптов автоматизации (иногда называемых макросами) для программ Microsoft Windows. Такие скрипты полезны для выполнения часто повторяющихся задач, таких как инсталляция идентичных наборов программ на большое количество компьютеров.

Скрипт может быть скомпилирован в независимый от установленного в системе интерпретатора исполняемый файл. Источник: http://ru.wikipedia.org/wiki/AutoIt

Вариант 3:
> Саша Коньков
> Тут не батник нужен, а ЯП.
Ну это вообще не вариант! Сектанты показывают себя во всей красе -- вместо того чтобы воспользоваться инструментом, специально разработанным для определенной цели, они будут изобретать свой велосипед с квадратными колесами, используя свой фетиш. А потом еще и пытаться всучить этот велосипед другим. К тому же пюревасик, который пытается пропихнуть Саша Коньков, является платным программным обеспечением, т. е. прежде чем воспользоваться этим, придется сначала купить или где-нибудь своровать его. Нафига это нужно при наличии бесплатных, а главное, более мощных альтернатив?

Напиши батник который сам галки будет ставить

Тут не батник нужен, а ЯП.
Вот пример работы с окнами других программ. http://purebasic.info/phpBB2/viewtopic.php?t=21
Нужно программно в окне инсталлятора нажимать на кнопки и ставить галки.