Все указывают ширину сайта в '%' или 'рх' ...и почему мало кто использует 'ем'

Про пиксели нечего и говорить. Пиксель - он всегда пиксель.
Проценты - относительные величины, рассчитываются относительно ширины родительского элемента (или окна) .

А em и ex - величины, которые зависят от размера шрифта.
Представьте себе, что вы поставили размеры всех картинок и блоков в зависимость от размера шрифта и позже вам захотелось поменять именно размеры шрифтов.. .
Макеты, ширина которых зависит от размеров шрифтов - эластичные http://habrahabr.ru/post/21209/
Проблема с такими макетами еще и в том, что долго считать приходится.
Применялись они во времена древних осликов - в них масштабировались шрифты и при обычном масштабировании колесиком блоки с размерами в единицах, не зависящих от размеров шрифтов, частенько расползались. В те времена кроме проверки макета в разных разрешениях верстку еще проверяли и при разных масштабах в IE6.
Сейчас это практически неактуально - браузеры масштабируют не шрифты, а весь контент.

Кроме этих размеров есть еще и метрические - cm, mm, in, pt, pc, которые используются исключительно в макетах страниц для печати. Хотя, в общем-то никто не запрещает их пользовать и для экранных версий. Однако есть рекомендации и здравый смысл.))

привычнее, вообще ещё в % ставлю, удобно )

em ставят те кто подгоняет под explorer 6-8, мне лично это не нужно, принципиально отказался подстраиваться.

Допустим там где я начинал изучение всего сайтостроения в целом тогда в 2004-ом, так скажем откуда я такой мастер родом :) у нас все указывали в "px" эти значения, вот и я так же :)