В каком случае целесообразно или выгодно создавать сайт с нуля ?

Кроме учебных целей (действительно, хороший практикум) еще есть большой смысл, если ты делаешь сайт для себя по своей любимой теме и имеешь технический склад ума. Потому, что ты будешь абсолютно свободен от ограничений не только конструкторов, но и профессиональных CMS, у которых тоже немало ограничений. Можно и свою CMS написать, достаточно знать какой-нибудь из серверных языком типа PHP.
Про безопасность интересный вопрос. С одной стороны в CMS многое предусмотрено, с другой стороны дыры CMS также хорошо известны и хакерами эксплуатируются. Если же сайт будет самописный, то стандартных дыр, характерных, для CMS, не будет. Но надо элементарные приемы безопасности изучить и внедрить на самописе.
Если у хостера взять выделенный сервер, то будет полная свобода, но его налаживать и обслуживать надо уметь, надо знать серверную ОС, например, Linux на уровне командной строки. Виртуальный сервер для самописа в общем случае вполне подойдет и возни с серверными тонкостями почти никакой.
Быстродействие самописа в большинстве случаем выше, чем CMS, не говоря уже о конструкторах. Потому, что нет никаких лишних кодов и функционалов.

Только в качестве учебного задания.
Или если это совершенно примитивный лендинг, в котором ничего, кроме браузерных эффектов, нет.

Любой качественный сайт - имеющий хоть какой-то серверный функционал - пишется с использованием CMS или фреймворков. И даже не потому, что это многократно быстрее, а потому, что элементарные базовые функции уже реализованы CMS/фреймворком. И реализованы намного качественнее и безопаснее, чем сможешь ты в своём самописе.

P.S. Конструкторы - это для полных неучей, которые жлобятся нанять профессиональных разработчиков.

P.P.S. VS Code, Nodepad++, Sublime - это всё текстовые редакторы, в которых удобно внести небольшие изменения в пару файлов. А для серьёзной разработки есть IDE.

Обычно программист пишет сайт при помощи фреймворков и библиотек.
Конструкторы полезны, если надо что-то типовое и простенькое сделать. Не надо изобретать велосипед. Но как ты понимаешь, на конструкторе второй ВК или ответы не сделаешь. Да и такие вещи как вордпресс таят в себе много уязвимостей. Я знаю, что даже есть такая хакерская утилита wp-scan, которая ищет уязвимости в вордпресс-сайтах.


При написании сайта могут возникнуть в том, что тебе придётся тратить много времени на реализацию того, что в фреймворке или библиотеке за пару команд делается. Могут быть проблемы с безопасностью, а также производительностью. Все-таки в фреймворках все это отточено и обычно отточено годами практики и работы.

начните с безопасности и это желание улетучится