Забронировала путевку, бронь оплачена на 50% у отеля неустойка 90% при отказе, неустойка будет с брони или с 100%?

Забронированная путевка - это значит купленная путевка, которую Вы обязаны оплатить. Если Вы отказываетесь, то неустойка будет со 100%.
Только имейте ввиду, что с Вас могут взять только фактически понесенные убытки, подтвержденные документально. Брать неустойки, штрафы и т. д. за отказ от тура никто с Вас не имеет права. Это Вы сможете оспорить в любом суде.

Это зависит от времени до поездки. Билеты на чартерные рейсы не принимаются к возврату вообще, но они и выписываются за пару дней до вылета. Отказ раньше штрафа не повлечет. Штраф отеля берется так же за пару дней до приезда. И максимум за 2 ночи. Плюс плата за работу турагентства. А все остальное вам обязаны вернуть.
Если вы возьмете страховку от невыезда, то вообще ничего не потеряете. Но там четкие причины отказа перечисляются.

Обычно при отказе за неделю удерживается 10-15%, за 3-7 дней уже 25%, позже 50%

Если только отвечать на Ваш вопрос, а не вдаваться в ценообразование и штрафные санкции контрагентов туроператора, то:
неустойка 90% со 100% стоимости отеля (т. е. цена остального турпродукта: перелета, сборов, трансфера и т. д.... относится уже к другому вопросу) .

Ваших 50%, от стоимости всего тура, вполне хватит покрыть эту неустойку, еще и сдача останется:)) )

А вообще странно, что у отеля неустойка. У Вас раннее бронирование или вылет на этой неделе?

Все верно, только фактически понесенные расходы.. . Только туроператоры отказываются предоставлять подтверждение расходов без суда. . Если тур новогодний (хоть один день попадает в даты с 21.12 по 21.01), то и суд не поможет. Ничего не вернете! Единственный вариант - переоформить тур на других людей!