почему цены на авиа перелет на билеты через турагентство дешевле нежели напрямую покупать или как это все понять?

они берут "оптом"

Вариантов несколько может быть. Начиная от покупки туроператора блока мест на рейсе (не по розничным ценам, естественно) и кончая чартерным рейсом, который заведомо дешевле регулярного.

Туроператоры выкупают места в гостинице и места на рейсах заранее и «оптом», со значительными скидками.

«Не гонялся бы ты поп за дешевизной!» А. С. Пушкин. Почти 200 лет тому назад.

Эти билеты уже не вернёшь, даже если это обычный перевозчик, и они однозначно связаны с приобретаемым туром. То есть Вы всё равно платите.

Мне туры даром не сдались, так как я путешествую самостоятельно.

К тому же у хороших рейсов турагентов нет. Они орудуют на ранних, поздних или ночных перелётах, которые неудобны. Вдобавок самолёты на такие перелёты идут самые отвратные.

Поэтому если Вы пакетник, то да будет Вам счастье!

возможно вы сравниваете цены на регулярные и чартерные рейсы
чартерные дешевле, но авиакомпании билеты на них не продают

1. есть чартерный рейсы, места на которые выкупило турагенство. Там да, конечно будет дешевле, но только в составе тура, потому что отдельно вам этот рейс не продадут, а если и продадут то по реальной обычной, не сниженной цене.
2. Есть регулярные рейсы. Билеты на эти рейсы можно купить как у самих авиакомпаний на сайтах онлайн, а можно купить через посредников - это теже турфирмы, операторы, просто компании по продаже билетов онлайн, например озон ру, энивейэнидей, триваго, тикетс ру и тд.
3. Есть лоукост авиакомпании. Долго расписывать не буду. Но у них реально дешевле всего! Стоимость билета практически от 1 доллара!