Почему самолёт летит так долго - 3 часа-со скоростью 900 км час- ведь ему по прямой - короче и ближе?

Лучше кошку поймать. И ниже и ближе.

А самолет летит не всегда 900 км/ч. Я по GPS мерял, когда летел, там сначала 400, потом 700 была.

А вы как себе представляете полёт? Стоял самолёт, двери закрыли - и хоп, он в то же мгновение уже летит со скоростью 900 км/ч? Долетел до точки назначения на этой скорости - и хоп, он уже стоит на земле у трапа?

Время полёта - это время от закрытия дверей до открытия дверей. В него входят запуск двигателей, руление, разбег, взлёт, набор высоты, выполнение схемы выхода, занятие эшелона, снижение, выполнение схемы захода, посадка, пробег, руление, выключение двигателей. А ещё закладывается запас на неблагоприятные метеоусловия (встречный ветер, обходы гроз), да и воздушная трасса - отнюдь не всегда прямая линия.

Есть скорость линейная, а есть угловая.
Подняться над землей на 10000 м - расстояние лететь будет много больше, чем проекция на землю.
А есть еще ортодромы и локсодромы, связанные с кривизной шарика...

Чтобы не сбили.

Расстояние больше.

А время рулежки, взлета, набора высоты, выход на курс, снижения, посадки ты вычел? И маршрут редко когда прямой. И полоса может смотреть в другую сторону от маршрута - 10 минут после взлета разворлт на 180 и перед посадкой заход циркуляция - вот тебе уже минус почти полчаса

взлёт, посадка, глиссады, заходы, встречный ветер