В турагентствах можно планировать непрямые рейсы?

В теории можно, в реальности - вы это серьезно?
Готовы отдать несколько тысяч (рублей) за то что какая-то тетка в турагентстве в каком-то условном aviasles вобьет Вена-Ульяновск, не особо парясь, что в Москве прилет в Жуковский, а вылет из Внуково, а в Стамбуле переезд из Сабихи в Новый? Плюс разбираться при любых форс-мажорах вам придется именно с этой теткой, которая должна будет разбираться с АК...

По сайту могли и 10 пересадок найти.. Кстати какому сайту? Просто держите в голове, что сайты-агрегаторы показывают рейсы на которые могут продать билеты, а из-за проблем со свифтом есть куча нюансов если многосегментный перелет содержит российские и международные рейсы. Одни системы бронирования как-то могут обходить эти ограничения, другие включают дурочку - типа таких рейсов нет...

Подходите к проблеме творчески. Дано: единственный хаб из Европы - Стамбул.
Значит на сайте Turkish Airlines покупаем билет Вена - Стамбул - Москва (Внуково).

Далее на сайте Победы (именно они летают из Внуково) смотрим билеты на Ульяновск.

Две пересадки (каждая в одном аэропорте!) и все удовольствие 1000 евро.

А как за дешево и через Таллинн я уже вам рассказывал...

В вашем случае - не только можно, но и нужно. Прямого рейса Вена-Ульяновск не существует.

Можно, конечно. И зачастую это даже лучше, особенно если нет опыта или незнакомые маршруты. Потому что самостоятельно можно по незнанию упустить какие-то важные моменты - например, не учесть время на смену аэропорта или необходимость в визе. Грамотный турагент отлично помогает подобрать оптимальный маршрут. И в случае каких-либо проблем (задержки рейсов и тд) помогает их решать. Не знаю, кто как, а я считаю, что за помощь можно и переплатить немного. Мой турагент за много лет сотрудничества помогала мне решить массу вопросов, на которые сама я потратила бы очень много времени и нервов. Например, когда отправляли пожилого человека в длительный перелет с пересадками, она помогла договориться с авиакомпаниями об отправке его багажа до конечного пункта назначения, хотя изначально ему надо было в одном из пунктов багаж получать и перерегистрировать. Когда надо было везти ценные картины, она договорилась, чтобы разрешили их взять в ручную кладь, хотя по габаритам они не проходили. И так далее.

Можно...