Открываю не большой продуктовый магазин. Как фиксировать выручку для налоговой и какая сумма от выручки платиться?

Если магазин не в Москве - то выбирать систему налогообложения особо не приходится - это ЕНВД.. .
При этой системе налогообложения фиксировать выручку не обязательно (плюс - кассовый аппарат не нужен) , налог берётся с площади торгового зала и не важно, сработали Вы с прибылью или с убытком.. .
Налог остаётся фиксированным (пока не изменится площадь или не наступит другой год).. .
Очень хороший бесплатный сервис для ИП: http://www.e-kontur.ru/
Нужно только зарегистрироваться...

Если вы открываете его как предприниматель, то есть два варианта: или писать заявление о переходе на упрощённую систему учёта-это налог 6 процентов с общей суммы дохода, или на обычную за вычетом расходов -это налог 15 процентов, но много возни с бумагами. Наверное нужен кассовый аппарат. Причём зарегистрированный официально...

Чую не долго магазом будешь рулить))))

п. 2 ст. 346.26 Налогового Кодекса РФ

Форму налогообложения выбрать надо сначала

Очень хороший вариант, обратиться с этим в аудиторскую фирму, вам без этого заморочек хватить. Когда начнутся дома конфликты, вам будет казаться что вас все грузят, будет подколбашивать одним словом, не пытайтесь от этого вылечиться у платных врачей. Идите в простую больницу по медицинскому полюсу, психотерапевт выпишет вам антидеприсанты.

выручка фиксироваться будет в журнале кассира-операциониста, обычно в крупных продуктовых магазинах, заказывают инкассацию, и деньги кладут на р/с

Вся выручка, которая проходит по кассе, это Ваш доход, все остальное зависит от режима, который Вы выбрали для своего предприятия (УСНО, ЕНВД, общий режим и т. д.)