Могу ли я поменять фамилию по временной регистрации, не имея постоянной?

Вам всё верно объяснили в отделе ЗАГС.
В двух случаях-разные основания для перемены фамилии.

1.При вступлении в брак вы вправе изменить фамилию в соответствии со ст. 28 ФЗ "Об актах гражданского состояния". Здесь- регистрация вообще никакой роли не играет, и жена вправе выбрать фамилию мужа (как и муж- фамилию жены) независимо от места жительства, регистрации и других факторов.
2.Но теперь вы меняете фамилию в соответствии со ст. 58 этого же закона-то есть исключительно по собственному желанию (то ест основание- ваше желание, а не вступление в брак) .
А перемена фамилии в соответствии со ст. 58-

Статья 58. Перемена имени

1. Лицо, достигшее возраста четырнадцати лет, вправе переменить свое имя, включающее в себя фамилию, собственно имя и (или) отчество.

2. Перемена имени производится органом записи актов гражданского состояния по месту жительства или по месту государственной регистрации рождения лица, желающего переменить фамилию, собственно имя и (или) отчество.
----------
То есть вы вправе переменить фамилию в одном из отделов ЗАГС по вашему выбору-

А. по месту жительства (то есть при налиции регистрации по месту жительства, постоянной регистрации) ,а это-у вас пока есть только место пребывания, так как вы зарегистрированы именно по месту пребывания.

Б. По месту госрегистрации рождения, то есть в том отделе ЗАГС, где было оформлено ваше свидетельство о рождении.
-------------
А по месту пребывания, увы, не предусмотрено.
==А то, нужна или не нужна временная регистрация или постоянная регистрация-это уже совершенно отдельный вопрос.

они ваам мозги пудрят. регистриция она и в африке регистрация, даже временная. на время прописки обладаете всеми правами чир при постоянной.