Могут ли отказать в паспортном столе в получении паспорта, если негде зарегистрироваться(прописаться)?

не могут- требуй письменный отказ. Жалобу в прокуратур

Сроки предоставления государственной услуги

15. Выдача и замена паспортов производятся подразделениями по месту жительства, месту пребывания или по месту обращения гражданина.
16. Паспорта выдаются гражданам:
в 10-дневный срок со дня принятия всех необходимых документов подразделениями в случае оформления паспорта по месту жительства или в связи с утратой (похищением) паспорта, если утраченный (похищенный) паспорт ранее выдавался этим же подразделением;
в 2-месячный срок со дня принятия всех необходимых документов подразделениями в случае оформления паспорта не по месту жительства или в связи с утратой (похищением) паспорта, если утраченный (похищенный) паспорт ранее выдавался иным же подразделением;

однозначно НЕТ
получайте паспорт в УФМС

5. Основания для отказа в предоставлении государственной услуги
5.1. Основание для отказа в выдаче паспорта является:
- отсутствие у лица гражданства Российской Федерации;
- не достижение гражданином возраста 14-лет;
- не предоставление всех необходимых документов;
- несоответствие размера и количества личных фотографий предъявляемым требованиям;
- отсутствие квитанции, подтверждающей уплату государственной пошлины.

Если Вы получаете паспорт в первый раз, как видно из вашего комментария, в 14 лет... то непонятно почему у Вас как у несовершеннолетней нет регистрации. Ваши родители должны были оформить вам регистрацию по своему месту жительства. Но это мои догадки.

Я перечислила причины по которым могут отказать в выдаче паспорта. Других причин не может быть, в том числе и отсутствие регистрации....

не могут, временную регистрацию делайте и вперед

Всмысле в получении паспорта? Вы гражданин? Меняете паспорт или получаете новый по истечении срока паспорта или утери? Каким образом вам отказали письменно или устно? отказ был мотивирован чем либо? !

НЕЛЬЗЯ