А как в ФМС могут доказать, что я живу по месту пребывания более 90 суток? Устроят слежку?

Лицо подлежит административной ответственности только за те административные правонарушения, в отношении которых установлена его вина.
Лицо, привлекаемое к административной ответственности, не обязано доказывать свою невиновность. . .
ИСКЛЮЧЕНИЕ из принципа Презумпции невиновности, предусмотрены только для административных правонарушения в области дорожного движения и ряда иных, совершенных с использованием транспортных средств. И применение этого Исключения допускается лишь в случае фиксации события нарушения специальными техническими средствами фиксации, ..)

Так что Вам НИЧЕГО не надо доказывать и что-либо предъявлять тоже.. .

Можете даже заявить, что хотя и прибыли больше года назад, но каждые 2 месяца ездите домой "на побывку", а значит, установленный срок (90 дней) НЕ нарушили. А о доказательствах ОБРАТНОГО пусть голова болит у сотрудников ФМС и участкового.

это их проблемы

Сотрудники ФМС делают выезды по месту регистрации граждан, опрашивают соседей и собственников квартир, где регистрируют приезжих. Иногда звонят хозяевам по телефону, чтобы убедиться, что вы реально проживаете по указанному адресу.

спросят - предоставишь им справку о временной регистрации

обязан. обязан доказывать и предъявлять билеты

А ЗАЧЕМ доказывать?? ?
Вы чисто теоретически спрашиваете, или кто-то реально наседает?
Шлите лесом.

Если сами не сознаетесь что более 3 месяцев живёте без регистрации.... никак ФМС не докажет.... Если вы в течение 90 суток на 1 день уезжали и потом вернулись.... Срок в 90 дней заново начинается..

никак не докажут, да это и не нужно, тем более у вас где-то имеется регистрация по месту жит-ва, в своей стране вы можете перемещаться куда угодно и в любое время и не обязаны объяснять свои мотивы и что-то доказывать, в т. ч. хранить и предъявлять билеты.

Это труднодоказуемо, практически невозможно, только если Вы сами не признаетесь. Никаких билетов предъявлять не нужно.

Билеты автобусные, ж/д, авиа! Чеки магазинные и другие с того места, откуда приехали.. . Хотя там нет фамилии Вашей. Билеты на 1 месте!