Какие трудности возникают при перевозке собаки в поезде? ехать почти сутки, собака маленькая, щенок еще совсем

Проблемы можно поделить на две части:
1. Законная сторона вопроса. Читайте, замечательная статья. http://www.kinodog.ru/info/sobaka_v_poezde.html Главная задача: собрать все справки, вовремя сделать прививки, изучить правила перевозки собак поездом своей страны и той, в которую вы едете. И помнить, что в Европе у животного должен быть чип. В некоторых странах и карантин существует.
2. Всё, что надо для собаки.
1. Простынь или легкое покрывало. Вещь незаменимая при путешествии с собакой! Зайдя в вагон, постелите его на полку – и собака может сесть туда, не вызывая негатива окружающих. Потом покрывало можно стелить на постельное белье, чтобы собака его не пачкала. И – главное! – им можно занавесить полку от желающих погладить такую милую собачку!
2. Полотенце для лап.
3. Клетка.
4. Вода. Ту воду, которую в поезде называют питьевой, собаке давать нельзя!
5. Намордник – вдруг понадобится.
6. Миска, еда. Режим питания должен быть очень строгим! Никаких сомнительных продуктов. И лучше недокормить, чем перекормить. Расстройство кишечника в поезде и для человека проблематично, а уж для собаки… Поэтому, кстати, необходимо заранее подготовить собаку к смене рациона.
7. Возьмите с собой клеенку. Лучше медицинскую – она не скользкая (продается в аптеках) . Постелите ее под простыню – и Вы предохраните матрас от намокания, а себя – от конфликта с проводниками.
8. Не лишней будет впитывающая простынка (для грудных детей) , на которую Вы будете выпускать щенка погулять.

Ещё одна проблема: собаку в поезде может укачивать. Поэтому лучше, опять же, не перекармливать.
Быть осторожными с лестницей в вагон: там дырочки, собака может сломать когти.
Следить за состоянием собаки: духота и жара в поездах жуткая.

удержать его в своем купе

Ну во 1 что вы конкретно спрашиваете? Надо что бы провести обратиться к ветеринару для осмотра, на основе осмотра на собаку выдается билет, просто так вас с собакой никто не пустит, тем более что ехать долго. Если собака всё таки не такая уж и маленькая необходимо разрешение попутчиков по купе на проезд, либо полностью выкупить купе (имеется в виду плацкартное или просто купе-4места) А так ну какие трудности-выгуливать надо почаще на станциях, как можно больше давать жидкости-сейчас всё таки лето-жара, собаку укачать может с непривычки, может занервничать, начать скулить или лаять на весь вагон, что не понравится соседям...