В чем смысл поговорки «Хорошо, когда собака — друг человека, но плохо, когда друг — собака»? Что в этом плохого?

Смысл-то понятен.
Собака как животное - идеальный друг. Если собака для человека друг, то она и не предаст, и защитит, и не будет человека оценивать по его доходам или внешности, и в трудную минуту рядом будет. Это хорошо.
Но вот почему-то исторически за словом "собака" закрепилось переносное ругательное значение. Плохая женщина - сука, мужчина-ловелас - кобель. Если гадость сделал, то чувствуешь себя последней собакой. Когда про друга говорят, что он - собака, то обычно имеют ввиду, что он подлый, нож в спину воткнёт, гадость сделает, предаст.
Только непонятно, почему это всё к слову "собака": собака-то как раз гадости не замышляет, без причины не укусит, хозяина не подставит.
Видимо. всё-таки поговорка-то родом из древности и деревень, где собака облаяла или тяпнула - всё, гадина такая. Тогда как-то не задумывались, что собаку хозяин воспитывает, а кусачей она от жизни такой становится.

Так во втором случае подразумевается "собака двуногая".Т. е. когда друг оказался "собакой".

Действительно, корни ругательства "собака" идут с древних времен.
Не было тогда собак-друзей. Были собаки-работники. И не дружили с ними, а работать заставляли.
У многих кочевников собаки считались грязными животными (типа, как свиньи) и слово "собака" использовалось в качестве ругательства. На Руси также "собачились".
Например "Собака Калин царь" - иначе и не называли.
Ну вспомни фильмы: "Какое житие твое, пес смердячий! "
Или: "Ах ты, сучка крашена! "
И вообще ругательство "сукин сын" было распространено довольно широко
Поэтому отголоски старины дошли до наших дней