Если основной инструмент разума - отрицание, то почему разум не отрицает сам себя?

иногда отрицает!

Основной инструмент разума сравнение, а значит, анализ.

Основной инструмент разума - поиск истинности путём исключения и нахождения алгоритма поведения.
Разум отрицает только ложное. А отрицать себя -это тоже самое, что плакать на своих похоронах. ))

наш мозг величайший обманщик

Читайте диалектику Канта- критика чистого разума. И Гегеля
Диалектику вообще Кант называет логикой видимости. В случае трансцендентальной диалектики лежит видимое противоречие трансцендентальных идей, которое раскрывается в четырех антиномиях (2 кн, 2 гл, 5 раздел):

Мир конечен или бесконечен в пространстве и времени
Существуют или не существуют мельчайшие элементы вещества
Обладаем или не обладаем мы свободой
Существует или не существует абсолютно необходимое существо (нем. schlechthin notwendiges Wesen), например Бог
ПРИМЕР. Как это все выглядит.
Разум словно вступает в разлад с самим собой, чувствует себя довольно неудобно. Как ему выйти из такого положения? Выход есть. И для его демонстрации Кант приводит еще один пример: “Если бы кто-то сказал, что всякое тело или пахнет хорошо, или пахнет дурно, то можно сказать и нечто третье, а именно что тело вообще не пахнет, и таким образом оба противоположных суждения могут быть ложными”. Если применить этот пример, скажем, к вопросу о «конечности – бесконечности мира», то не следует ли сделать аналогичный вывод относительно проблематичности существования “мира вообще”, поскольку вопрос относительно конечности целокупного мира простирается за пределы опыта. За этими пределами “мир” становится “вещью самой по себе”, ноуменом, то есть тем, что может лишь мыслиться, но не может быть представлено чувственно. А если так, то ноуменальный мир недосягаем для науки, иначе для теоретического разума.
Подобные метаморфозы возникают в результате выхода за пределы опыта, распространение на идею, сформированную разумом, опытных средств познания, а то время как они неприменимы к идеям разума так таковым. Но разум предполагает, что хотя бы один из двух противоположных тезисов является истинным. Тем не менее, они оба ложны. «Два противоречащие друг другу положения могут быть оба логичны только тогда, когда лежащее в основе обоих понятие само себе противоречит; так, например, два положения: четырехугольная окружность кругла и четырехугольная окружность не кругла – оба ложны. Что касается первого, то ложно, что названая окружность кругла, так как она четвероугольна; но также ложно и то, что она не кругла, то есть угольна, так как она есть окружность! С помощью разума можно логически доказать одновременно оба противоположных положения антиномий – разум заходит в тупик. Наличие антиномий, по Канту, – доказательство наличия границ познавательных способностей разума. ВОТ ОТСЮДА рассудите, КОГДА РАЗУМ НАЧИНАЕТ ОТРИЦАТЬ СЕБЯ есть два постулата наличие разума и его отсутствие и оба они ложны относительно чего-то третьего... А МОЖЕТ ВОПРОСА О НАЛИЧИИ ВЫСШЕГО РАЗУМА, что вне пределов понимания нашего разума, застрявшего в бинарности????