Как сделать такую же красивую черную воду, как на примере, из обычной речной?

На той фотке, которую ты хочешь привести к образцу слишком другой свет и много бликов. Одними уровнями тут не отделаешься. И да там вода не черная. Она затонирована. Что-то типа легкого циана в режиме наложения "цветность" надо поиграться. Я сделал по-своему. Вышло похоже, но разница есть. У оригинала более мягкий свет, а на ждипеге этого увы не исправить.

Создай новый слой, залей чёрным цветом и понизь немного снизь непрозрачность.

Снимать ночью

фотошопом - делается всё, что угодно.

Сфотографировать !
Полагаю что подобное изображение можно получить посредством грамотной работы с кривыми .
Только оно у Вас не чёрное !!!

Чаще всего вода так именно снята, а не "нафотошоплена", потому что такая вода подразумевает и соответствующее освещение самого кадра. Зачастую это высококонтрастное освещение (например, ярко освещенный объект на воде, вода в тени и без отражения неба (правильный угол съемки или фильтры), нужная точка съемки и состояние погоды.
в качестве примера. Фото сняты в одном месте, но с разным "светом" (жесткий и мягкий) и с разных точек съемки (разница 100-150м, с берега и с воды), соответственно и результат:
снято на плёнку около 15 лет назад, так что параметры приблизительно и по памяти.
1. ~2ч до заката, свет контрастный, воздух сухой прозрачный, облака от моря, на западе чистое небо. снято с борта, дырка ~16 или уже (для звёздочек)
2. рассвет, солнце только встает, свет мягкий - дымка, на небе палитра богатая - есть чему отражаться, диафрагма ~ 5.6

Вот так? Режим наложения "линейный затемнитель"

первый пример непонятен, ну а второй - обычное море или озеро...
Вы никогда не видели речку утром?

Фотошоп - Выборочная коррекция цветов, и вперед!

как как фотошипером, накладываешь с верху слой и всё