Имеет ли значение или как правильнее хранить зеркальный фотоаппарат в футляре, в сумке, боком можно или нет?

Хранить фотокамеру лучше всего в прохладном месте, в коробе и/или шкафу, без объектива, с "дышащей" заглушкой байонета, т. к. в той или иной степени: остатки флюса, растворителей пластика и лака печатных плат, клея - использованных при производстве изделия - имеют остаточные испарения, ухудшающие физические свойства элементов камеры.
Аналогичное отношение уместно и к объективам.

Хранение фотоаппарата объективом вниз или горизонтально предотвращает дополнительное оседание и прилипание пыли на матрицу.
Вертикальное хранение аппарата (объективам вниз) , в отличие от горизонтального, также предохраняет и объектив - от возможного попадания смазки на лепестки диафрагмы.
И в то же время, для современных объективов горизонтальное хранение объективов предпочтительнее, т. к. обоймы их диафрагм смазки не содержат, а прилипание микрочастиц к внутренним поверхностям оправы лучше, нежели к поверхностям линз.

Пары остатков флюса (в некоторых изделиях их бывает гораздо больше, нежели склонно думаться при здравом уме) разрушают как саму пайку плат, так и поверхностное покрытие зеркала; пары растворителей пластика, лака, клея - разрушают просветляющие слои линз, равно как и сами поверхности пластиковых линз и экранных поверхностей видоискателя.

Если камера имеет запах производственной свежести, это запах неиспарившихся растворителей, пары которых будут разрушать камеру изнутри.

Объективом вниз. Удобнее вынимать.

Храню в сумке.
Ставлю её на пол - ниже падать некуда)) )

Не важно каким местом, если долго не будете пользоваться камерой, то выньте аккумулятор. Хранить лучше в сумке чтобы не пылилась камера.
Других правил нет...

Храните как Вам удобнее. Фотику без разницы.