Подскажите как правильно настроить и снимать в каком режиме, ночной город фотоаппаратом NIKKON D3100?

ISO 100, F11, режим А или М и обязательно штатив.

F11 не обязательно. тут зависит от замысла. (есть маленькая фишка закрытой диафрагмы: это даёт "звездные лучи" у источников света)
если нет возможности сделать выдержку - поднимайте исо.

а вообще ночью надо с выдержкой.. .

чем меньше диафрагма (больше цифра) - тем длиннее выдержка

чем больше исо - тем меньше выдержка но больше шумов.

1 Установить на штатив
2 Мануальный режим
3 Исо 100
4 Диафрагма 11
6 Выдержка 1-50 сек

А ещё можно пыху добавить по задней шторке.
И ночной город прорисуется и вы в кадре четко.

Качественно только со штативом с достаточно длинной выдержкой на минимальном ИСО (см. ответ Стаса РБ) .

Если требования к качеству не такие высокие - то, в принципе, можно попробовать с рук снять (большая матрица зеркалки это позволяет) - тогда я бы использовал режим S (приоритет выдержки) и выставил ISO1600 - и подбирайте выдержку экспериментально. Стаба в тушке нет - поэтому лучше брать объективы с индексом VR (не знаю, какой у вас объектив) .

Если без стаба - то только примерно до 1/30 с рук можно снять без шевелёнки; если со стабом - то я и на 1/13 снимал. В принципе, этого достаточно для съёмки города, если без особых изысков.

Купи штатив, установи фотик на него, поставь iso 100, диафрагму для резкости надо наполовину закрыть, а то и больше, выдержка в режиме приоритета диафрагмы сама должна выставиться (5-30 с) , поставить задержку спуска 2 с от шевеленки во время нажатия кнопки спуска.