Нужно снять для клипа эпизод где шахматы сами двигаются по доске, может кто знает какие хитрые методы?

покадровая съёмка

В BluffTitler загрузи отдельно доску и фигуры, расставь эти фигуры как надо и двигай их как угодно... Потом сохрани в видеоформате . (Эта прога похожа на Adobe After Effects, но намного проще)

я бы сделал серию фото кадров с разворотом, вокруг доски. 3Д получилось бы с "отъездом"

А чистое видео - это ли не идущие подряд, с определенной скоростью, "фотокадры"?
Магниты - самый простой вариант (если только доска/фигурки не прозрачные) , зря вы так скептически к ним относитесь.

Да мне кажется идеальный вариант - магниты. Все остальное сложно и заморочено.

Слышал про такую прогу, которой можно снимать по таймеру множество кадров, а потом собирать из них видеоролики Colorbox Animation Creator - но сам не юзал

Самый простой способ магниты, далее покадрово. Но тут есть свои нюансы. Постоянное освещение, заблокированный фокус и экспозиция, а так же баланс белого. Иначе один кадр от другого будет отличаться. И ювелирная точность перемещения фигур, чтобы не задеть остальные. И фотик не дёрнуть, нажимая кнопку (лучше с пульта) . Я один раз так попробовал. До того сложно, что даже отснятый материал не захотел в программе склеивать. Там было несколько сотен фотографий. Можно поставить видеокамеру, заблокировать фокусировку, экспозицию и баланс белого, ну и скорость затвора. Камеру на штатив, постоянное освещение и снимаете видео. Потом в программе разделяете видео и склеиваете. В программе видеомонтажа. Так тоже можно. Хоть в том же Вегасе, с разрешением 1920х1080.