Снимаю на Д90 с внешней и с внутренней пыхой. Есть разница.

Внешняя тоже "в лоб"? При переэкспозиции тоже резкость может снижаться. На длинной выдержке возможен смаз.
Для более точного сравнения нужно гарантированно исключить смазы и расфокус. Поставьте камеру на штатив, сделайте снимок с внутренней пыхой. Посмотрите параметры, которые выдала автоматика в экзифе. Ориентируясь по гистограмме, добейтесь похожей экспозиции с внешней вспышкой, оперируя мощностью. Используйте модификаторы, если не используете. Хотя бы "лопух". Фокус, при сравнении, сделайте заранее вручную по лайв вью.

На резкость мощность, расположение пыхи и ттл не влияют !
Если бы ты сказала, что такое происходит при одинаковых настройках экспопары ( выдержки и аппертуры ) я бы тупо воткнул gif с фэйспалмом и свалил ...
Не буду разжёвывать азы, но именно в экспопаре дело.
Резкость может падать в связи с :
1 слишком длительной выдержкой и смазом, связанным с дрожанием рук .
2 слишком большим относительным отверстием диафрагмы, когда объект не укладывается ГРИП !
Поучи основы фотографии, и только потом начнай фоткать .
Тебе просто нужно узнать и понять ,- ЧТО ТАКОЕ ВЫДЕРЖКА И ДИАФРАГМА, и понять ,- как их изменение влияет на картинку .
По линку ниже всё это разжёвано ,- там и полный идиот поймёт . Удачи !
http://www.cambridgeincolour.com/ru/tutorials/camera-exposure-2.htm
P.s. У тебя в аке единственное фото снятое на отличный кроп ,- и на том СМАЗ !!!Не помогло даже то, что ты резкость до 4 !!!задрала .

Выставляйте экспозицию ISO100, F/5.6, выдержку меняете сами под ваше освещение. Резкость если нужна, тогда тренируйтесь в предметке, она от вас никуда не убежит, на стол (штатив) ставите фотоаппарат, наводка фокуса на (резкость) предмет (идеальная) там где вам нужно, к примеру на чашку или журнал, фотоаппарат желательно поближе к объекту съёмки. Освещение хотя бы лампы на прищепке купите или у соседей позаимствуйте временно, с двух сторон перед чашкой (журналом) поставьте, вспышку в потолок зеркальцем перед вспышкой по углом 45 градусов, выберите задний план однородный (не пёстрый фон к примеру простыня) ну и так далее. Включаете таймер на 10 секунд и ничего не шатаете, не двигаете, не передвигаете, не поправляете...