Каковы условия увольнения беременной женщины при сокращении филиала?

Если ликвидируется только филиал, то беременная женщина не может быть уволена ни по каким статьям, т. к. предприятие само является работающим.
Если ликвидируется само предприятие, тогда беременную женщину могут сократить по всем правилам, с пособием

работников филиала, расположенного в другом городе, то есть за пределами административно-территориальных границ населенного пункта головной организации, работодатель имеет право уволить, как в случае ликвидации организации (то есть учитывая п. 1 ч. 1 ст. 81 ТК РФ) .
Статьей 261 ТК РФ установлены гарантии беременным женщинам. Согласно ч. 1 ст. 261 ТК РФ расторжение трудового договора по инициативе работодателя с беременными женщинами не допускается, за исключением случаев ликвидации организации. А значит, с беременными женщинами - работницами филиала, расположенного в соседнем городе, работодатель также имеет право расторгнуть договор в связи с его ликвидацией.
точно так же как и всех остальных уволят, с выплатой выходного пособия. какая может быть защита от ликвидации фирмы? ни какой нет.

Филиал - это не предприятие, никакой ликвидации в данном случае нет. Вас должны перевести в другой филиал.

вообще-то по закону беременных женщин увольнять нельзя, насколько я знаю

Если филиал находится в одном городе, что и головное предприятие, то вас должны перевести. А если в разных то увольнение будет проходить по правилам ликвидации. соответственно и вы попадете под увольнение.