Кто должен платить подоходный налог, арендодатель или агенство недвижимости?

Агентство должно было бы платить за вас налог, если бы являлось вашим налоговым агентом.
Налоговый агент это тот, кто выплачивает доход (но не гражданин-квартиросъемщик).
Поэтому вариантов на самом деле 2:
1. Агентство является только посредником между вами и квартиросъемщиком.
В этом случае оно источником вашего дохода не является, декларировать доход и уплачивать с него налог должны вы сами, даже если расчеты с квартиросъемщиком идут через агентство.
2. Агентство является вашим арендатором, и само уже сдает квартиру в субаренду. Вот тогда оно является источником выплаты дохода и удерживает из причитающихся вам сумм НДФЛ. Но при этом никто не снимает с вас обязанности подать декларацию.

Вы получали доход- вы и платите налог.

вы сдавали квартиру, вы и платите налог

Вы сдавали квартиру, Вы получали доход - Вы и должны сдать декларацию.
Налог мог быть уплачен агентством (если таковое было прописано в договоре), но это не освобождает Вас от обязанности подачи налоговой декларации.
Письмо пришло из ФНС?

Каждый заплатит налог со своего дохода. Вы - с дохода, полученного от сдачи жилья, агентство - с дохода, полученного в виде комиссии.

Оба. Вы ответственны за ваш доход, агентство за их.

тот у кого возникает доход тот с него налог и платит.. если арендодатель с вами договорился что вы платите аренду + его налог.. то уж вы сами так договорились.. это вопрос договоренности.. но просто так в налоговую за него не заплатить.. напрямую.. это вроде как платежи которые должно осуществлять обременяемое лицо

Налог платите Вы, конечно. Агентство только оказало услугу по поиску арендатора

Ну народ ))) Вы получали доход от сдачи недвижимости, Вы платите налог. Агентство получало (или получило) свою прибыль, вот оно платит с этой суммы налог. Каждый платит налог с своей суммы, которую он "заработал". Ваш 13%, а у агентства зависит от системы налогообложения + отчисления в различные фонды, когда сотрудникам выплачивают з/п. И поверьте, они в 3+ раза больше чем Ваши. )))