приобрёл квартиру в новостройке по военной ипотеке хочу продать. Мне надо будет платить 13% налог.

С разницы между продажной ценой и покупной стоимостью и прочими расходами на приобретение 13%. Если купили больше 3-х лет назад, то платить не надо.

Обязательно! С суммы. превышающей 1 млн рублей, ПРИ СРОКЕ ВЛАДЕНИЯ КВАРТИРОЙ ДО 5 ЛЕТ (с 2016 г.).

после 5 лет налога не будет

При разнице между покупкой и продажей больше 1млн. нужно заплатить 13% налог на сумму, превышающую этот 1млн. Купили за 3 млн, продали за 4,5 млн.
Разница - 1,5 млн. Платить 13% от 1,5- 1 млн. = 500 тыс Налог 65 тыс.

Налог платится с разницы между стоимостью продажи и вашими расходами.

Вы ведь эту квартиру не забесплатно получили, а заплатили за нее некоторую сумму.

Вы можете вычесть свои расходы из полученного от продажи дохода и платить налог с разницы.

При цене квартиры свыше 1млн это выгоднее, чем использовать право на вычет.

Про слово "БОМЖ" доводилось слышать? Примерьте к себе, прежде чем пускаться в афёры с жильём...

Возможно, да.
Будет ли налог, будет зависеть от:
- полученного дохода,
- расходов на приобретение,
- даты оформления права собственности,
- кадастровой стоимости продаваемой квартиры.
"Написать меньше 1 млн. руб." в договоре может не помочь по ряду причин.

В документах напишите что за меньше миллиона продаете эту квартиру, и платить ничего не придется.

Если в договоре укажете ту цену за которую купили сами налога не будет, все остальные варианты надо рассматривать индивидуально.

Вообще лучше всего конечно зайти на Росвоенипотеки официальный сайт и там напрямую задать такой вопрос или любой другой если что непонятно в этой связи. Но тут вроде все просто, если вы уже ничего не должны и квартира полностью оформлена на вас, то налог конечно вы на сумму продажи больше миллиона будете обязаны отдать налоговой.