заключил договор аренды земельного участка с правом на жилое строение, как оформить зеленку на эту землю?

Вопрос не понял? Аренда для чего? Для строительства жилья? Строй. Разрешение на ввод объекта в эксплуатацию получишь (когда построишь) там же, где разрешение на строительство выдают. Какую еще "зеленку" оформить хочешь?

4. Вещные иные и ограниченные вещные права,
обязательственные права на земельные участки

Права граждан на землю могут быть и вещными, и обязательственными. В ст. 213, 216 ГК РФ содержится перечень вещных прав на объекты недвижимого имущества, в том числе и на земельные участки, подлежащие государственной регистрации.
В ст. 130, 131, 132, 164 ГК РФ, а также в ст. 4 Федерального закона "О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним", в ст. 25 ЗК РФ достаточно четко определены имущественные права на недвижимое имущество, в том числе и на земельные участки, подлежащие государственной регистрации.
Это вещное право, в первую очередь, - право собственности (ст. 260, 261 ГК РФ, ст. 15-19 ЗК РФ) , иные вещные права - это право постоянного (бессрочного) пользования (ст. 216, 268 ГК РФ, ст. 20 ЗК РФ) , право пожизненного наследуемого владения (ст. 216, 265 ГК РФ, ст. 21 ЗК РФ) , а также ограниченное вещное право - сервитут (право ограниченного пользования земельным участком) (ст. 216, 274, 277, 340 ГК РФ, ст. 23 ЗК РФ) .
К имущественным обязательственным правам на землю, подлежащим государственной регистрации, относятся арендное право на земельный участок (ст. 22 ЗК РФ) , право доверительного управления земельным участком (ст. 1017 ГК РФ) , рентное право на земельный участок; обязательственным является и залоговое право на землю.
НИЧЕГО И НИКАК ВЫ НЕ ОФОРМИТЕ, ПОКА НЕ ВЫКУПИТЕ этот участок у собственника!

договор на 100 лет? зелёнка это наверно свидетельство о праве собственности

зеленку ты ни как не оформишь. А дом когда построешь можно.