Иерусалим был захвачен крестоносцами-католиками. О чём молились православные в это время там?

Чтобы крестоносцы были подальше от них.

МОЛИТВА О МИРЕ В ИЕРУСАЛИМЕ.

Господи! Ты безмерно свят и безмерно милосерден. Призри на нас скорою Твоею помощью и сотвори мир на Святой Земле. Господи Боже наш, Сладчайший Иисусе! Все наши взоры обращены к Святой Земле. Здесь прошла Твоя земная жизнь. Благовещение, Рождество, Сретение, Крещение, здесь Ты творил чудеса исцеления больных и немощных, просвещал заблудших, возставлял падших и отчаявшихся. Здесь Тебя предали на Распятье, и поныне мы распинаем Тебя своими грехами. Здесь было Твое Воскресение, здесь Тобою была побеждена смерть, отсюда Ты вознесся к престолу Небесного Отца Вседержителя, и сюда был послан в утешение нам Дух Святый.
Господи, спаси и сохрани Святую Землю, видевшую Твои страдания, обагренную кровью первых мучеников. Здесь протекала земная жизнь Твоей Пречистой Матери, Девы Марии, сюда Ты пришел в Ея славное успение и взял с Собой к престолу Отца. Отсюда пошли на проповедь Твои ученики, отсюда стало освящать и просвещать мир Святое Евангелие. Ты видишь, Господи, как страдают люди на Святой Земле, какие раздоры и войны оскорбляют святые места. И там, где должна совершаться молитва, там гремят взрывы и льются слезы не радости, а горя.
Господи, мы знаем, что по грехам нашим мы заслужили кары небесные, и видим их предзнаменования в бешенстве стихий, в пожарах, наводнениях, землетрясениях, в том, что Тобою, для прозрения заблудших, попущены войны.
Господи, суди не по злобе нашей, а по Твоему неизреченному милосердию, дай, Господи, мир центру мира - Святой Земле. Господи, Ты связал союзом любви апостолов, дай и нам вкусить ее блага, умири злобу враждующих, разруши силы зла, восстающие на мир и спокойствие всей Земли и ее сердца - Святой Земли.
Вместе с псалмопевцем Давидом мы простираем руки к Тебе и просим о мире на Святой Земле и взываем: «Не презри наших молений, Господи! Да не во зло обратим дарованные нам блага жизни, укрепи нас силой и могуществом небесного воинства, да обрящем со Ангелами и Архангелами и всеми святыми милость стать одесную Великого Судии и славити Святую Троицу ныне и присно и во веки веков» .

ну после того как был разграблен Константинополь.... сложно сказать

В сознании христиан XI века никакого разделения еще не было. А реально оно стало осознаваться именно в эпоху крестовых походов.
, Все началось с одного из главных злодеев этой истории, Боэмунда Тарентского. Захватив Антиохию, он изгнал оттуда законного патриарха (который, кстати, всячески помогал крестоносцам) и заменил его своим, латинским ставленником. Таким образом, впервые возникла двойная, параллельная иерархия. А это – признак реального раскола. Дальше – больше: уже упоминавшийся Готфрид Бульонский мало того что вырезал исламское население Иерусалима, он еще изгнал православных священников из Храма Гроба Господня. Это лишний раз показало православным, что те, кого они считали своими освободителями – на самом деле гонители похуже мусульман.
Процессы эти развивались, и кульминация наступила во время четвертого крестового похода, когда был захвачен и разорен Константинополь. Но самое главное тут даже не это. Конечно, разгром – это ужасно, это страшное варварство и жестокость, уничтожение святынь и культурных ценностей, чудовищная геополитическая ошибка, более того – преступление. Но все это еще не имеет прямого отношения к религии. Ведь и раньше люди, называвшие себя христианами, воевали между собой, предавали, нарушали клятвы.. . Все это было.
Но в случае с Константинополем Рим воспользовался этой трагедией, утвердив на место законного константинопольского патриарха свою креатуру. А дальше, в 1215 году, на соборе в Ватикане приняли решение заменить всех епископов-греков на латинян и ввести в православной Византийской Церкви латинское богослужение. Вот после этого в наличии реального раскола никто уже не сомневался. И надо сказать, что православные греки – именно простой народ – никогда не забыли четвертого крестового похода. В дальнейшем, когда последние византийские императоры в отчаянии готовы были ради спасения Империи на все, даже на подчинение Церкви Римскому папе – народ этого не принял, отказался наотрез.
Таким образом, движение крестоносцев, породившее четвертый крестовый поход, нанесло глубочайшую рану идее церковного единства.

Православные в городе иудейском?

Когда-то Ватикан ответит за свои грехи. Они не отмоливаются, хотя Папа публично за это попросил прощение.