Как креационисты объясняют одинаковые ретровирусы у человека и шимпанзе?

Элементарно - они отрицают существование ретровирусов. :-)))))
А совпадение участков генома объясняют помыслом божим.
Если биться головой о стену, что пострадает раньше - стена, или голова? :-))))))

А вот еще убедительный пример оттуда же, касающийся НЕФУНКЦИОНАЛЬНЫХ участков ДНК:
"На хромосоме человека имеются рудиментарные центромеры. Обычно хромосома имеет только одну центромеру, но на длинном плече 2-й хромосомы наблюдаются остатки второй.
Кроме того, на хромосоме человека имеются рудиментарные теломеры. Обычно теломеры находятся только на концах хромосомы, но последовательности нуклеотидов, характерные для теломер, наблюдаются ещё и в середине 2-й хромосомы".
-----
И про псевдогены там тоже написано много.

Если бы все было одинаково - обезьяна от человека не отличалась бы ничем.... просто, прилетев на Землю, наши "благодетели" генетикой из обезьян создали новую ветвь - человека, и все проблемы.... а неудавшиеся мутанты в экспериментах (неадертальцы, снежные люди, гномы, гоблины, лешие, титаны.... ) шли параллельно с человеком отдельной ветвью....

Никак они это не объясняют. Правило верующего человека -- не только ничего не знать о том, что разрушает его веру, но и отвергать сам факт существования таких знаний.

Коран объясняет это тем, что ранние атеисты оскотинились до обезъян. Т. е. , обезъяны произошли от человека.

А разве эндогенны ретровирусовы - не вполне функциональны, и действуют как промотеры? . Эти эндогенные ретровирусы способствуют транскрипции в более чем одной пятой части человеческого генома.
http://www.origins.org.ua/page.php?id_story=1046

Они объясняют это тем, что известно множество случаев, когда небольшие мобильные генетические элементы, которые до этого считались эндогенными ретровирусами, оказывались вполне функциональными, а это лишает смысла заявление о «произвольном внедрении ретровирусов» в геном клетки.