Раз церковь запретила систему Коперника, значит понимала, что она противоречит Библии?

Церковь всегда была тормозом прогресса. По одной очень банальной и прозаической причине. Церкви самой нужны были все знания ученых, которые в дальнейшем она собиралась использовать в своих целях. Например, с целью явления верующим "чудес". Для этого церкви были очень важны знания, особенно в некоторых областях, например в астрономии. С этой целью преследовали тех ученых, кто отказывался сотрудничать с церковью. Система Коперника была достаточно революционной для своего времени, поэтому церкви нужно было время, чтобы осознать эту систему, изучить и прибрать к рукам. Все это и вылилось как раз в запрет. Полноценно запретить так и не смогли (скорее всего такая цель и не ставилась) , но время, безусловно, выиграли.

Светские школы недопустимы, так как в таких школах нет религиозного обучения, а общее нравственное обучение без религиозного основания зиждится на пустоте; следовательно, воспитание личности и религия должны основываться на Вере. Нам нужные верующие люди. - Адольф Гитлер

Думала что противоречит.

Библии не противоречит.

Церковные иерархи понимали, что признание этой системы внесёт сомнения в голова христиан, а от сомнения до отрицания бога всенго один шаг.

Это католическая запрещала.
А Православная пока ещё не разобралась,
что такое система Коперника...

именно потому, что ...не противоречила....) а раскрывала .."тайное"

Церковь средневековой Европы значительно ушла от христианства.
Библии не противоречит система Коперника. Просто люди, находящиеся на должностях что-то кому-то захотели доказать.

она почуяла чем это все пахнет

Попробуйте вникнуть в суть проблемы и понять философскую сторону вопроса. Коперниканство было осуждено именно за гелиоцентризм с философской точки зрения. Солнце - центр мира!!!? Абсурд. А что касается научно-астрономических категорий, так попам до них дела не было.

То не церковь была, а инквизиция.. . А инквизиторы, похоже, даже не вникали в Библию.. . В Библии - "живите и плодитесь", а целью инквизиторов было уничтожение прогрессивного человечества.. . Порой возникает вопрос - а от Бога ли они были, инквизиторы?

Геоцентризм был официальной научной концепцией того времени и Церковь строила свою картину мира исходя из него. Смена парадигмы требовала перемен в богословии, но Галилей, поскольку он был мирянином, не имел права толковать Писание. Против его исследований никто не возражал, и никто не запрещал ему публиковать свои идеи, но при условии, что это будет трактоваться, как модель, гипотеза, а не окончательная истина. К сожалению, учёный полез в бутылку, да ещё в одном из своих трудов фактически высмеял Папу, который до этого был его близким другом.. . Результат известен. Правда, Галилею вообще ничего не сделали (домашний арест на вилле его друга-архиепископа вряд ли можно считать наказанием) и до конца жизни он продолжал получать пенсию от Папы. Но наука в какой-то степени пострадала. Сильно дискредитировал теорию Коперника и Бруно со своим язычеством. В результате её и запретили.

Ватикан только в 21м веке официально признал систему Коперника.