Почему христианские государства воевали между собой в прошлые века? Почему церковь не предает анафеме войны?

Христианство христианством, а табачок врозь - даже в средние века правители мало прислушивались к голосу Церкви, если ее мнение шло вразрез с политическими интересами. Римская курия не искушала судьбу и не осмеливалась диктовать крупным государствам свои правила, хотя в свое время остановила междоусобные войны между феодалами Прованса и Нарбонской Галлии... правда у нее там были свои интересы, ну да неважно.

Именоваться "христианским государством" намного легче, чем быть им в действительности.

Войны - плод грехопадения человечества, они неизбежны.

Войны преданы анафеме учением Иисуса Христа.
Кто нарушает заповеди Христа - те фактически и не христиане.

Совсем недавно на куски разбомбили Югославию, православно-католическую, протестантские США.

Христианских государств в точном значении этого слова никогда не было и не может быть по определению. Государственный аппарат в любом случае подразумевает насилие в том или ином смысле или степени.
Христианской можно назвать только церковь. Да и то далеко не всех её членов.
Так что при правильном понимании терминов, которые вы употребляете, ваш вопрос не корректен.

так это она же сама и устраивала эти войны, ей что ли саму себя анафеме предавать???))

Церковь предаёт анафеме только тех людей, которые являлись членами Церкви, чтобы засвидетельствовать, что они больше не таковы, но отчуждены от Неё по своим нераскаянным грехам и упорству в заблуждении.