Почему Бог велел древнему Израилю уничтожить хананеев? Служит ли это повеление оправданием войн в наши дни?

Примерно потому же, почему Боу сам уничтожил Содом и Гоморру.
Не нужно представлять эти народы как мирных фермеров, которые нюхали цветочки в поле, а потом пришли злые евреи и всех зарезали.. .
Это в корне неверное представление.
Историки говорят что в той земля до прихода израильтян творились дела и похуже, одни только массовые жертвоприношения детей чего стоят.
Некоторые удивляются почему Бог вообще терпел эти народы несколько сотен лет, пока израильтяне были в Египте, и не уничтожил их гораздо раньше.

Из Википедии:
"В жертву богам обычно приносили животных и пищу. По свидетельствам греческих и римских источников, у хананеев практиковалось и человеческие жертвоприношения. Ханаане приносили детей в жертву Молоху. Рассказывается, что внутри громадного идола этого бога горела печь. Живых детей бросали в распростёртые руки этого идола, кидая детей через них в горящий внизу огонь. В «Библейском справочнике» говорится о том, что археологи нашли в Мегиддо руины храма, посвящённого богине Астарте, жене Ваала. Пишет: «Лишь в нескольких шагах от этого места было кладбище, где найдены в кувшинах останки детей, приносимых в жертву.. . Жрецы Ваала и Астарты были официальными убийцами маленьких детей» . «Другой ужасный обычай назывался „жертвоприношением на основания“. Когда заканчивалась постройка нового дома, то в жертву Ваалу приносился младенец, тело которого позже замуровывалось в стену...»

Мало ли, что было когда-то и кого-то

Бог ничего никогда никому не велел, это простое оправдание людей которым важно было покорить и разграбить другие народы. Конечно под знаменем бога гораздо приятнее это было делать, да глупых людей это очень мотивировало.

Потому лучше НЗ, чем ВЗ

"Слушай, Израиль: ты теперь идешь за Иордан, чтобы пойти овладеть народами, которые больше и сильнее тебя, городами большими, с укреплениями до небес,
народом многочисленным и великорослым, сынами Енаковыми, о которых ты знаешь и слышал: "кто устоит против сынов Енаковых? "
Знай же ныне, что Господь, Бог твой, идет пред тобою, как огнь поядающий; Он будет истреблять их и низлагать их пред тобою, и ты изгонишь их, и погубишь их скоро, как говорил тебе Господь.
Когда будет изгонять их Господь, Бог твой, от лица твоего, не говори в сердце твоем, что за праведность мою привел меня Господь овладеть сею землею, и что за нечестие народов сих Господь изгоняет их от лица твоего;
не за праведность твою и не за правоту сердца твоего идешь ты наследовать землю их, но за нечестие народов сих Господь, Бог твой, изгоняет их от лица твоего, " (Второзаконие, глава 9:1-5)

"Кто будет злословить отца своего или мать свою, тот да будет предан смерти; отца своего и мать свою он злословил: кровь его на нем.
Если кто будет прелюбодействовать с женой замужнею, если кто будет прелюбодействовать с женою ближнего своего, - да будут преданы смерти и прелюбодей и прелюбодейка.
Кто ляжет с женою отца своего, тот открыл наготу отца своего: оба они да будут преданы смерти, кровь их на них.
Если кто ляжет с невесткою своею, то оба они да будут преданы смерти: мерзость сделали они, кровь их на них.
Если кто ляжет с мужчиною, как с женщиною, то оба они сделали мерзость: да будут преданы смерти, кровь их на них.
Если кто возьмет себе жену и мать ее: это беззаконие; на огне должно сжечь его и их, чтобы не было беззакония между вами.
Кто смесится со скотиною, того предать смерти, и скотину убейте.
Если женщина пойдет к какой-нибудь скотине, чтобы совокупиться с нею, то убей женщину и скотину: да будут они преданы смерти, кровь их на них.
Если кто возьмет сестру свою, дочь отца своего или дочь матери своей, и увидит наготу ее, и она увидит наготу его: это срам, да будут они истреблены пред глазами сынов народа своего; он открыл наготу сестры своей: грех свой понесет он.
Если кто ляжет с женою во время болезни кровоочищения и откроет наготу ее, то он обнажил истечения ее, и она открыла течение кровей своих: оба они да будут истреблены из народа своего.
Наготы сестры матери твоей и сестры отца твоего не открывай, ибо таковой обнажает плоть свою: грех свой понесут они.
Кто ляжет с теткою своею, тот открыл наготу дяди своего; грех свой понесут они, бездетными умрут.
Если кто возьмет жену брата своего: это гнусно; он открыл наготу брата своего, бездетны будут они.
Соблюдайте все уставы Мои и все законы Мои и исполняйте их, - и не свергнет вас с себя земля, в которую Я веду вас жить.
Не поступайте по обычаям народа, который Я прогоняю от вас; ибо они все это делали, и Я вознегодовал на них, " (Левит, глава 20:9-23)

Ветхий завет это тень, которая отражает следующее :
28 Если же Я Духом Божиим изгоняю бесов, то конечно достигло до вас Царствие Божие.
29 Или, как может кто войти в дом сильного и расхитить вещи его, если прежде не свяжет сильного? и тогда расхитит дом его.
30 Кто не со Мною, тот против Меня; и кто не собирает со Мною, тот расточает.
(Матф. 12:28-30)