Из каких неправильных мотивов некоторые преследовали Иисуса?

Фарисеи преследовали Иисуса из-за зависти, жадности, они так же переживали за потерю власти.

из тех же, что и сейчас... не думаю, что руководство церкви Иисуса поступает иначе с инакомыслящими

А не надо было лезть со своим уставом в чужой монастырь!

Ну, наверное, за дебоширство, пьянки, любовь к мальчикам?

ненависть и невежество

Неправильных? Ну, его подлое и лукавое учение о непротивлении агрессору и о том, что надо, плюнув на реальную жизнь, заботиться только о загробной, добило-таки римскую империю. Подумайте, где мы могли сейчас быть с сохранением единого цивилизационного центра, с непрерывной цепью культуры и прогресса, без Тёмных Веков тысячелетнего господства христианского варварства. Да мы бы сейчас уже вовсю осваивали Альфу Центавра! Так что преследовали правильно — жаль, безуспешно.

Саддукеи верили в необходимость политической прозорливости в отношениях с другими народами, а не ожидали Мессию — если они вообще верили в его приход. По договоренности с Римом они стали ответственными за храм и не хотели, чтобы появился какой-нибудь Мессия и нарушил их покой. Увидев в Иисусе угрозу своему положению, они, чтобы убить его, объединили силы в заговоре с фарисеями (Матфея 26:59—66; Иоанна 11:45—50).
Так как саддукеи занимались политикой, они, естественно, подняли вопрос о преданности Риму и кричали: «Нет у нас царя кроме кесаря» (Иоанна 19:6, 12—15). После смерти и воскресения Иисуса именно саддукеи проявили инициативу, стараясь остановить распространение христианства (Деяния 4:1—23; 5:17—42; 9:14).

Многие противодействовали Иисусу, так как завидовали ему. Так, римский наместник Понтий Пилат «знал, что старшие священники отдали его [Иисуса] из зависти» , чтобы казнить на столбе (Марка 15:9, 10). Почему религиозные руководители завидовали Христу? Одна из причин — это известность, которой пользовался Иисус у презираемого ими простого народа. «Весь мир идет за ним! » — сокрушались фарисеи (Иоанна 12:19). Также и позднее, видя, что служение учеников Иисуса приносит хорошие плоды, их религиозные противники снова «исполнились ревности» и стали преследовать христианских проповедников (Деяния 13:45, 50).
Некоторых раздражали добрые дела Божьих служителей. Вот что апостол Петр писал об этом в своем письме: «Они [злые люди] в недоумении, потому что вы уже не бежите с ними в тот же омут разгула, и говорят о вас оскорбительно» (1 Петра 4:4). Подобное отношение к истинным христианам не редкость и сегодня. То, что они избегают безнравственного поведения, не делает их самодовольными, и они не смотрят на других свысока. Поступать так было бы не по-христиански, ведь все люди грешны и нуждаются в Божьем милосердии (Римлянам 3:23).

Почему преследовали и преследуют до сих пор . Современные гностики СИ, ( Никалоиты ), это яркий пример .