Как объясняется это противоречие в Коране?

ошиблись писатели. в разное время писали, плохо редактировали.

Во первых это в Коране а в переводе!
Во вторых если читаете, то читайте с толкованием! без толкования до вас мало что дойдет!
В третьих великие люди из других конфессий не нашли в Коране ни одного противоречия, потому что был бы уже не Слова Божьи, а вы тут умником заделались
Но вы молодец что открыли хоть перевод!
Мир вам и да наставит вас Аллах на Истину

я Каран не читал, а противоречия откуда? люди не идеальны

НЕ ДЕНЬ - А ЭТАП, ПРОМЕЖУТОК ВРЕМЕНИ.
В первом случае говорится о том чему равен промежуток времени управления вселенной Аллахом,
В втором случае говорится о том чему равен промежуток времени за которое Ангелы восходят к Аллаху.
То есть правильнее будет тут будет перевести не "день" а этап. Тут вина подстрочных переводов которые часто искажают смыслы Корана

(5) Он управляет делами с неба до земли, а затем они опять восходят к Нему в течение дня, который продолжается тысячу лет по тому, как вы считаете.

يُدَبِّرُ الْأَمْرَ مِنَ السَّمَاء إِلَى الْأَرْضِ ثُمَّ يَعْرُجُ إِلَيْهِ فِي يَوْمٍ كَانَ مِقْدَارُهُ أَلْفَ سَنَةٍ مِّمَّا تَعُدُّونَ

Могущественный Правитель управляет своими рабами в соответствии с законами божественного предопределения и законами небесной религии, которые нисходят на землю с небес. Посредством этих законов Аллах делает людей счастливыми или несчастными, богатыми или бедными, могущественными или униженными, почтенными или презренными. Он превозносит одни народы и унижает другие, а также ниспосылает Своим рабам пропитание и земные блага. А затем повеления восходят к Аллаху в течение дня, который по земному счету продолжается тысячу лет. Однако до Аллаха эти повеления доходят за одно мгновение.

4. Ангелы и Дух (Джибрил) восходят к Нему в течение дня, равного пятидесяти тысячам лет.

تَعْرُجُ الْمَلَائِكَةُ وَالرُّوحُ إِلَيْهِ فِي يَوْمٍ كَانَ مِقْدَارُهُ خَمْسِينَ أَلْفَ سَنَةٍ

Это относится ко всем душам – и добродетельным, и грешным. После смерти душу праведника возносят к Аллаху, и пред нею одно за другим открываются небеса, пока, наконец, она не достигнет седьмого неба, над которым воцарился великий и могучий Аллах. Обитатели небес приветствуют ее и молятся за нее, и она испытывает невероятное счастье от близости к своему Создателю и ликует от этого. Тем самым ей оказывается заслуженная честь и воздается щедрая похвала. Душа грешника также поднимается к небесам, однако ей не разрешают вступить даже на первое небо и ее возвращают на землю.

Всевышний сообщил, что ангелы и дух восходят к Аллаху, преодолевая огромное расстояние в течение одного дня благодаря тому, что Аллах облегчил им этот путь и сделал их нежными и мягкими творениями, наделенными высокой скоростью. Передвигаясь обычным образом, они бы преодолели расстояние от начала восхождения до его конца, где заканчивается высший мир, за пятьдесят тысяч лет. Таково великое царство Аллаха. Это – необъятная вселенная, состоящая из высшего и земного миров. Сотворил их и правит ими один царь – высочайший Аллах.

Ему известно все, что происходит в их душах и что совершают их руки, что ожидает их в земном мире и в Последней жизни. Он милосерден к Своим рабам и добродетелен к ним. Милость Его объемлет все сущее, и все подчинено Его законам: законам вселенной, законам шариата и законам справедливого возмездия.

Горе тем, кто не познал Его величия и не ценил Его должным образом, кто торопил его наказание, пытаясь испытать могущество Аллаха или убедиться в Его беспомощности!

Хвала Аллаху, кроткому и сострадательному Господу, который отсрочил день своего возмездия до определенного срока и не предал Своих рабов забвению. Они обижают Его, а Он терпит их несправедливость и даже дарует им благоденствие и пропитание.

Таково одно из толкований этого благородного аята, из которого следует, что речь в нем шла о восхождении ангелов и душ в этом мире. Об этом также свидетельствует текст предыдущих аятов.

Согласно другому толкованию, это произойдет в День воскресения, когда Всевышний Аллах продемонстрирует рабам Свое могущество и величие в полной мере. Они увидят, как ангелы и души будут восходить к Аллаху и спускаться от Него, исполняя божественную волю и претворяя в жизнь Его указания.

Что же касается упоминания о пятидесяти тысячах лет, то оно означает, что Судный день будет мучителен и продолжителен, и лишь правоверным Всевышний Аллах облегчит это ожидание.