Почему наука подружилась с атеизмом, ведь это разные направления и даже противоположные?

не было-бы атеистов, не было-бы науки, верующие только и могут на бога уповать, а сами ни к чему не приспособлены.

Потому что это не противоположные, а параллельные направления.
Почему ученый может быть только атеистом? Потому что главная черта ученого - любознательность. А у веруна это качество отсутствует по определению. На любой вопрос и любую загадку природы у веруна один ответ - "неисповедимы пути", "божья воля", "нам не дано знать". При таком отношении невозможно изучение реальности.

Ну потому что если я говорю, что в земном ядре живот гномы с 3 глазами, а вы говорите, что нет, там живет черный черт с вилами о 4 спицах, с какого перепуга наука обязана вдруг поддерживать идею кого-то из нас, как и вообще, что там кто-то живет

...и вообще, в сказки :)
На этом и закончим.

В чем они противоположные?
В науке верить запрещено. Наука тоталитарна, 2+2=4, а не 5, 6 или 7 по вкусу. Наука ничего не предлагает. Она только отвечает на вопросы "как?" и "почему?", но не "зачем?"

Научный метод исключпеи рассмотрение факторов принципиально неизвестных и не подверженных исследованию.
В противном случае у вас и компьютера не было бы.

"(от греческого «а»— частица отрицания и «теос» бог, то есть буквально: безбожие) — системы взглядов, отрицающей веру в Бога, в бессмертие души, в потусторонний мир, в воскресение из мертвых и вообще в религию в целом."

Отрицающие веру в бога и точка! зачем приплели то что входит в понятие материализма??. Вот так и происходит подмена понятий..

Вы используете какое-то странное определение науки.
Наука — область человеческой деятельности, направленная на выработку и систематизацию объективных (исключено субъективное толкование результатов) знаний о действительности. Метод формирования и описания моделей, обладающих предиктивными и объяснительными свойствами.

Как известно, согласно научному методу любое введение в систему некой дополнительной сущности требует её обоснования, проще говоря, доказательств. А доказательств религиозной точки зрения нет. Ну, на нет и суда нет.
Самый железный аргумент в пользу атеизма - отсутствие аргументов против.

Вы утверждаете что атеизм деструктивен.
А что было создано с помощью религии, кроме структур, помогающих эту религию поддерживать? И разве любая религия не стремится уничтожить своих конкурентов?

Воззрения науки, менялись примерно также как журнал"наука и религия".

Что такое теория? Это по сути что то что объясняет ряд явлений и все. И наука в это верит - ведь процесс объяснен и все. Но через годик другой выходит, что не все так просто. Это как сначала принято было через классическую механику считать, а потом оказалось, что все ошибались и существует скорость света (я сейчас лайфхаку объясняю, так что про не судите строго). Любая теория работает с оговорками. Тоесть по сути все верят что все как в формуле, но со временем идет движение. Так что атеисты с этой точки зрения невежды. Они не видят в даль. По этой причине я признаю их заслуги их вклад, но не считаю их особенными или исключительно развитыми людьми...

любая наука - это изучение закономерностей природы (факты и доказательства)
любая религия - это вера в противоречия закономерностям (чудеса)

по сему наука и атеизм неразделимы, а вот наука и религия несовместимы