Почему многие люди, связанные с религиями и верой, призывают очищать душу, а Бог призывал очищать лишь тело и дух?

ну да.. нагрешил..
:) а потом сходил в баню/церкву..
спинку потер, свечку спалил, денег кинул - и "очистился".

Нет.
оскверняется душа.
Чем?
Телесными и духовными ошибками.

Очищать сердце ( зеркало ума) . Блаженны чистые сердцем, ибо они Бога узрят . Ум в трёх гунах : благости, страсти и невежестве. Того и видение мира разнится.

Чистота должна быть везде, без разницы

Ни Дух ни душу испачкать нельзя, это частица всевышнего в человеке )))
Всевышний не пачкается )))

Ради исполнения обетования Бога стать нашим Отцом - нужно потрудиться очистить себя от всяких грехов, оскверняющих плоть (пьянство, блуд, обжорство, лживый или злоречивый язык, например, и т. д) и от грехов, оскверняющих дух (зависть, злоба, хитрость, лицемерие, малодушие, и т. д)

Потому что люди не читали, что такое душа- в Бытие 2:7

Человек и есть душа т. е тело, а дух это мысли а потом и дела человека.

мир Божий
на сколько я помню, Иисус не просит очищать душу. Он призывает ее не беречь, потому что душа символизирует жизнь отказ от этой жизни - это начало новой жизни.
... ибо кто хочет душу свою сберечь, тот потеряет ее, а кто потеряет душу свою ради Меня, тот обретет ее;
(Матф. 16:25)
по поводу очищения духа
важно как мне кажется увидеть о КАКОМ духе ведется разговор.
после покаяния человек получает новое рождение, новый дух, рожденный от Духа. если допустить, что от Духа может родиться что-то не совершенное, то мы можем очень далеко зайти в этом
....Не обманывайтесь, братия мои возлюбленные. Всякое даяние доброе и всякий дар совершенный нисходит свыше, от Отца светов, у Которого нет изменения и ни тени перемены.
(Иак. 1:16,17)
о духе человеческом много говорится в ветхом завете. он там называется и пораженным и унылым. НО!!!
это не имеет отношения к нашему рожденному от Бога духу. поэтому в том месте, что вы привели Павел и соединяет дух и тело, говоря о скверне. потому что говорит о человеческом духе.
есть много лжеучений и ересей, которые построены на догадках http://dom-na-vostoke.ru/lzheuchenie/
думаю стоит изучать Писание, чтобы иметь ясное представление об истинах Божиих. тогда те самые "многие люди" о которых вы упоминаете, не смогут обманывать и вводить в заблуждение