На чьей стороне наука, 500 лет назад наука была с религией, а потом перешла на сторону атеизма?

Вы все перепутали... наука - ни на чьей стороне... познание мира заложено в любого нормального человека (H.sapiens).

А религия - это позднее, по-сути - религия обычное мошенничество на доверии (вере)... и никакого отношения к науке не имеет...

Далее подробней -
Религия основана на вере, а вера (как и неверие) возможны только тогда когда не знаешь (по определению).
Вера (религиозная) - "противна разуму". Она на невежестве основана. Иисус призывал не думать, а верить. И это утверждают ни какие-то там атеисты, а вот именно - ученики Христа, да и Святые равноапостольные Отцы Церкви, и просто святые, и "религиозные авторитеты" -
свт. Иоанн Златоуст:
"Вера укрепляет, а разум колеблет, потому что вера противна разуму..."

свт. Игнатий Брянчанинов:
"Человеку, растленному умом, никак не возможно быть причастником веры: у него место веры уже занято лжеименным разумом"

Мартин Лютер:
"Желающий стать настоящим христианином должен вырвать глаза у разума"

Свт. Августин:
"Существует иной, гораздо более опасный вид искушения. Имя ему - порок любопытства. Именно он подвигает нас на попытки разгадать недоступные нашему пониманию, ненужные нам тайны природы, познания которых человеку желать не должно"

Вот и получается, что исходя из "учения" (точнее, призывов - проповедей) Христа познавать мир, тайны природы и т. п. - не надо... наука (точнее - философия-мировоззрение) у него - основана на пороке любопытства (на грехе)... надо просто верить.

А наука (в прежние времена она называлась - натурфилософия) - .любовь к мудрости, разуму... она предполагает познание мира (тоже - по определению).

ЗЫ.. "Рассуждения" о том что наука ("научный метод") появился в средние века... это разговор о словах (наука, натурфилософия и пр.), не имеющих отношения к сути. Без науки (системы знаний о закономерностях в развитии природы...) никакой цивилизации и возникнуть не могло.

А наука и может быть ТОЛЬКО атеистической.

"....500 лет назад наука была с религией"

- вы сами это придумали, или это в вашей секте так сказали ?
Попробовал бы кто-то ТОГДА заявить, что он не верует :))

500 лет назад науки в современном понимании еще не было. Она только зарождалась. Причем преимущественно в виде математики, которая только-только додумалась до нуля и договорилась о записи чисел, да и то не до конца. До понятия математических формул в виде уравнений оставалось лет семьдесят-восемьдесят.

Наука на нейтральной стороне.

Она была на стороне религии, ибо не хотели гореть на костре.
Да и тем более научно-технический прогресс идёт, а религия стоит на месте