Что указать в резюме в причине ухода с прошлого места работы, если этой причиной был конфликт с начальством?

Да не дураки сидят в отделе кадров. Смешно говорить про инновационный метод. Скажите как было. Только примерно так что начальник был хорошим спецом и человеком, но именно личные взгляды на жизнь, не имеющие отношения к работе, создали непреодолимый барьер в отношениях. Ну а когда такой барьер присутствует, то по вашему мнению это отражается на самой работе. А вы привыкли все делать честно и на 100 процентов. Оттого и ушли.

"разошлись по взглядам на дальнейшие перспективы деятельности фирмы и организацию оптимального процесса достижения поставленных целей".
ЗЫ: лучше честно сказать, что ушли по принципиальным соображениям и объяснить, ПОЧЕМУ. Честных и принципиальных людей уважают, а "скользких", которые ради места готовы на все, что угодно - НЕТ.

зарплата не устроила

Позвонят. Точно позвонят. А правду может оценят.

Всегда надо говорить только правду!
Но не обязательно говорить правду всю и прямым текстом. Например, если Вы порсались из-за того, что всегда на час опаздываете или на рабочем месте спите, можно сказать:
Были несогласия из-за того что мне не позволили ввести инновационный метод распределения рабочего времени

Моя знакомая уходит по семейным обстоятельствам. Типа муж против был, что бы там работала, а начальство не отпускало. Поэтому если звонить будут - вот и причина плохого отзыва. Притом её с удовольствием берут с первого же собеседования))))

Семейные обстоятельства.