Как можно организовать подключение 1с базе: через SQL сервер или файловую систему? Сама база файловая.

Для 3-х пользователей SQL не обязательно

По поводу организации возможности совместной удаленной работы нескольких пользователей через интернет в онлайн режиме есть два принципиально разных варианта - это развернуть всю систему на своем сервере или использовать уже готовые облачные сервера.

Свой сервер
Реализация первого варианта зависит от используемой конфигурации 1С. Если конфигурация новая, на управляемых формах, то можно опубликовать базу на веб-сервере (IIS или Apache) и подключаться к ней по https с помощью тонкого клиента 1С или веб-браузера. В этом случае можно будет обойтись без Windows Server.
Если конфигурация старая, на обычных формах, то подключаться удаленно через интернет можно по PDP, а для этого нужен будет Windows Server, поднять на нем службу терминалов + потребуются терминальные клиентские лицензии (рассматриваем вариант только лицензионного использования).
Решение со своим сервером затратное, потребуется купить как само серверное оборудование + серверное ПО (в случае RDP) + потребуется услуги специалиста, чтобы все настроить, организовать безопасное удаленное подключение + в дальнейшем админить и поддерживать систему.

Облачный сервер
Опять же многое зависит от того, какая именно конфигурация используется. Если типовая БП 3.0 или УНФ, то лучше смотреть облако "1С Фреш" - это облако от самой фирмы 1С. Лучшее качество, стабильность и скорость работы по минимальной цене (около 500 руб. в месяц за 1 пользователя).
Более подробную информацию по облаку "1С Фреш" можно посмотреть тут
http:// online-ufa.ru/service/1c-fresh.php
На первые 30 дней доступ к облаку предоставляется бесплатно, чтобы клиент мог сам оценить скорость, доступность, стабильность и удобство работы.
Бесплатный доступ можно получить тут
https:// online.1cfresh.com
Если конфигурация 1С какая-то другая или измененная, то можно посмотреть предложения от партнеров 1С, но стоить будет в два-три раза дороже.

Группа компаний "Онлайн"
Официальный партнер фирмы "1С" с 1995 г.
Онлайн-сопровождение и удаленное обслуживание 1С по всей РФ.
online-ufa.ru

Для двух человек и файловая сойдет.

Если речь про 1с 8.3, то нужно установить SQL-сервер (MS SQL или Postgre SQL) и 1с-сервер - теперь трехзвенная структура стала. Если версия 1с 7.7, то надо MS SQL сервер и SQL версию 1С. Создаете новую пустую SQL-базу 1с, в старой базе делаете выгрузку данных, а в новой загружаете из выгрузки. И у вас стала SQL-база 1с.