Почему после бега болят боковые мышцы живота?

Потому что они задействованы во время бега. Чтобы не было болей во время бега, нужно обязательно делать разминку, организму нужно привыкнуть. Старайтесь ритмично дышать (ритм выбираете сами какой вам комфортнее). Если вы начали дышать через 1-2 шага, то такого режима и придерживайтесь до конца дистанции. Вот неплохая статейка с советами для начинающих бегунов: https://plus.google.com/u/0/115938615538659449243/posts/3hmrLxSuw4H Бегайте изначально не каждый день, дайте привыкнуть и настроиться, постепенно увеличивайте нагрузку.

во время бега вообще самая большая часть мышц задействована .поэтому вообще все тело может болеть

Очень странно ) Возможно (я подчеркну - возможно) вы слишком раскачиваете корпус вправо-влево, то есть получается как бы вращение. Это я замечал у некоторых начинающих бегунов - особенно девушек. Они так как бы пытаются сбалансировать нагрузку с непривычки.

Потому что во время бега ты их задействуешь, тем самым они напрягаются и начинают болеть из-за того, что не привыкли к такой нагрузке

Если у тебя болят "боковые мышцы живота" То у тебя их нет. Это точно. А бегом, ты им даешь проявляться. У обычного человека, который хоть как то вовлекает физические нагрузки в свою жизнь. Точно не будут болеть мышцы живота. Максимум ноги от непривычной нагрузки, или большой.
Вообще болит только потому, что ты недотренируешься (немного не корректно) От частых или регулярных нагрузок, мыщцы не будут болеть. Ты будешь чувствовать легкую боль или усталость.