Фотоаппарат 12 пикселей, снимает отлично, но когда увеличиваю до натурального размера получается нечёткость. Почему?

Ну, если это "мыльница" или "просьюмерка", то у них качество неахти, если света мало и ISO более 200 ед.
И зависит от того, как снимали, возможно, резкость неправильно наведена, не на объекте сфокусировано... .
Тут надо знать модель и марку аппарата, условия съёмки, желательно увидеть само фото.

"увеличиваю до натурального размера" имеется ввиду, что просматриваете фото в размере 100% ?

Дело в том, что сейчас количество мегапикселей, это чисто рекламный ход изготовителей.
И эти мегапиксели они получают с матрицы того же размера, с которой раньше снимали 2 или 5 мегапиксел. В итоге, эти самые пиксели получаются настолько маленького размера (меньше размера светового кванта) , что происходит замыливание картинки.

Чтобы фото 12 мегапикселей было качественным, нужно чтобы матрица аппарата была раза в 2-3 больше, чем у вас сделана сейчас.

О реальных размерах матриц см. на http://www.dpreview.com/learn/?/Glossary/Camera_System/sensor_sizes_01.htm

Цифровой ф/аппарат это только мегапиксели, но и качество оптики (зеркалки).

пункт 1: может 12 МП, а не 12 П?
пункт 2: что значит "натуральный размер"? точка к точке на экране? кв. дюйм к 600*600 точек при качественной печати?
пункт 3: в каком формате экспорт? jpg, raw, другом?
поясняю на примере:
у меня kodak c643: 6.1МП.
получаю фото напр. 2134х2848 точек формат jpg.
я могу рассчитывать распечатать с качеством (средним) 300х300 dpi получу снимок 7.1х9.5дюймов=18х24см.
или снимок 9х12см хорошего качества. Если б хотел превосх полигр к-во - снимок вышел бы только 4х6см.
или могу поставить фон на десктоп - при разрешении 1280х800 одна точка экрана получается из 2.2 точек по горизонтали и 2.7 точек по вертикали - изображение будет деформировано (нужно будет разместить по центру или сделать обрезку) и в принципе должно бы быть качественным, но
последний аспект - формат был джпег - а это формат с потерями.
степень потерь регулируется при сохранении, не факт что это можно менять в конкретной модели фотоапарата. поэтому при максимальном сжатии в jpg все точки квадрата 8х8 пикселов меняют цвет, аж до полной потери инф. по конкретных точках
поэтому при масштабе 100%, скажем в асидиси, действительно видно размытие и искажение деталей.
уф, вроде всё.

Очевидно, вы имели ввиду 12 Мега пикселей?

NB Дело в том, что мегапиксели, не к ночи будучи помянуты, это только маленький такой кусочек вашей фотографии.

Что значит - до натурального размера - это принцыиально невозможно - вы сотрите на мир 2 глазами - камера - 1. Но есть выход. Для полиграфии требуют 300 точек н дюйм - что считаеться - нормальным качеством. Т. е. приблизительно 300/2,54 = 120 точек на сантиметр. Вот возьмите и сделайте фото такого размера: разделите сторону кадра в пикселях (и по высоте, и по ширене) на 120 - получите размер в сантиметрах - отпечатайте фото и вот тут как раз можно судить о качестве.

НО! и еще раз НО! Как я уже замечал - мегапиксели - это тупо маркетинговый ход (не сочтите за оскорбление - так на лохов расчитано) , важно также и качество оптической системы, т. е. объектива - авы о нем не говорите. Хороший делают из текла - дешевый из пластмасы - он соответственно и будет "мылить" - делать изображение нерезким.

Но! (да это еще не все) Это при условии, что ваш объект съемки попал взону (только не пугайтесь) резко изображенного прастранства. Каждый объектив при своих установках имеет ее различную велечину. Это значит что не все в кадре будет резким. А только в некоторых пределах (к примеру 0,5 - 20 м - значит резким получиться все на расстоянии от0,5 м до 20 от точки съемки - все остальное размоеться) .

Но! (какое там уже...) . Могли просто дрожать руки когда снимали - вот и смазалсь изображение.

Что делать? . Хочеться большое фото - а никак - ну есть такой способ - купить самую навороченую камеру (60,5 Мегапикселей - на сегоднящний день) . Как вариант - разбейти мысленно изображение на части и снимите их отдельно, а потом сшейти, например, в Фотошопе. Ттак вы получите фото в столько пикселей, сколько захотите.

NB дав название камеры и приведя примеры фото очень бы облегчили ответ - а так читайте.