Почему в России почти вымерли узкоколейки, хотя несколько десятилетий назад их было довольно много?

Нерентабельно.
Узкоколейки использовались, в основном, на торфоразработках, лесозаготовках, и т. д.
Торф сейчас практически не используется, электростанции и ТЭЦ переведены на другие, более удобные виды топлива. Кстати, сланец тоже как-то не ко двору оказался. Так что в этой области узкоколейки убиты нефте- и газопроводами.
Для лесозаготовок железная дорога вообще в принципе не слишком удобна - лес рубят, новый вырастает очень нескоро, а ж/д колея - не шкаф, в сторону просто так не передвинешь. С появлением достаточно проходимых вездеходов и расширением сети автодорог узкоколейки при заготовке леса оказались слишком дороги и неудобны.
Это ведь целое хозяйство, которое потребляет деньги и материалы независимо от того, используется оно, или нет.

Тогда автомобильный траспорт был слабо развит.

Техноэволюция однако!
Не выдержали конкуренции с автомобилями. По Дарвину :-)

метал подорожал.

Узкоколейка как и любая жд будет выгодна при больших объёмах перевозок.
Когда в 90е объёмы пром. производства упали, узкоколейки остались почти без грузопотока, а на какие деньги тогда их ремонтировать, обслуживать? А вот охотников за металлоломом у нас пруд пруди, в том числе и из "новых русских" владельцев, которым выгоднее распродать узкоколейку, оставшиеся мизерные объёмы продукции можно вывозить автотранспортом, хотя грузовик везёт гораздо меньше, а топлива жрёт больше.
Те предприятия чьи владельцы хоть как то задумываются о сохранении и наращивании объёмов производства, эксплуатируют УЖД, например Тверской комбинат стройматериалов.

Леса вырубили и УЖД как надобность отпала.. . А че соскучился, сучки рубить...?

Узкоколейки использовали предприятия для своих нужд. Большинство предприятий ликвидировано ( или как говорят пере профилировано) и узкоколейки стали не нужны.