Почему не унифицировали калибры?

Энергия пули у патрона 14,5×114 почти в два раза выше, чем у 12,7×108 мм, соответственно при незначительном увеличении калибра сильно (примерно в два раза) возрастает бронепробиваемость.
КПВ оказался чемпионом по бронепробиваемости в своих масса-габаритах, превосходя в этом качестве более тяжёлые 20-мм пушки. Поэтому КПВТ устанавливается на лёгкую технику в качестве основного оружия для борьбы с бронеобъектами.
Также он имеет более высокие скорострельность, настильность и скорость пули, что делает его также хорошим зенитным средством.
Пулемёты же калибра 12,7×108 остаются главным образом в пехоте (потому что их можно без особых проблем переносить на большие расстояния в отличие от КПВ, который можно только буксировать) . И на танках, для которых они являются более предпочтительным дополнительным огневым средством, чем КПВТ, по причине компактности боекомплекта, который нужно хранить внутри танка.
Унифицировать конечно можно было, отказавшись от 14.5 и заменив его частично на 12.7мм а частично на 23мм. Но в данном случае вечный спор между преимуществами унификации и большей эффективностью нишевого оружия решили в сторону эффективности.

С автоматами просто - перевооружение стоит дорого, поэтому те подразделения, для которых качество оружия не критично (связисты, зенитчики, строители и т. п. ) не перевооружаются на новые автоматы, а снабжаются по остаточному принципу. С принятием на вооружение какого-нибудь АК-200, ими также будут перевооружаться только "непосредственно воюющие" подразделения, а АК-74 отойдут тыловикам на смену АКМ и СКС.

12.7 и 14.2 - огромная разница? как минимум 40%.

" Если новый автомат оказался лучше, почему им не снабдили все подразделения? " - потому, что и так страна накрылась медным тазом от военных расходов, а ты предлагаешь вот так взять и выкинуть пару миллионов вполне приличных автоматов, которые, хоть и хуже чем новые - но все равно лучшие в мире.
На вооружении оставались и карабины Симонова, в родах войск, которым оружие нахер не нужно. Например - в ПВО, где его берут только в карауле стоять.

Для разных калибров - разные цели. В общем случае, с увеличением калибра растёт начальная скорость снаряда и, соответственно, дальность его полёта и кинетическая энергия. С другой стороны - с увеличением калибра растёт масса боезапаса. Для одних случаев лучше взять побольше патронов, для других - крайне желательно поразить цель с первого выстрела.
В случае автоматов - патрон 5.45 легче, чем патрон 7.62, так что автоматчик может прихватить лишний магазин без увеличения массы снаряжения. С другой стороны - патрон 7.62 позволяет поражать легкобронированые объекты и объекты за лёгкими препятствиями. Так что в чистом поле лучше взять 5.45., а в густом лесу - 7.62.